مساله‌ی لفظ قرآن از عجیب‌ترین گرفتاری‌های مسلمانان در طول تاریخ بوده است؛ گروهی قائلند لفظ قرآن، مخلوق خداوند است و همه‌ی مخلوقات، حادث و غیر ازلی‌اند، پس لفظ قرآن نیز حادث و مخلوق است. در این میان، چون بخاری پیرو یکی از این دو نظریه (حادث و مخلوق بودن) بوده، لذا از سوی علمای مخالف به شدت مورد طعن و بدگویی قرار گرفته است.

یکی از شبهاتی که برخی بسیار به آن دامن می‌زنند و در فضای مجازی، به آن می‌پردازند موضوع «رجعت» است. این شبهه حتی در معتبرترین کتاب‌های آنان همچون «صحیح مسلم» از قرن‌ها پیش ریشه داشته است؛ تا جایی که حتی اگر یک راوی هر چند هم موثق باشد، اما چون قائل به «رجعت» بوده، علمای جرح او را به همین دلیل از کار می‌انداختند.

برخی از اهل سنت می‌گویند: که زهرا (س) نیز مانند دیگر زنان است و ناراحت می‌شود، بنابراین در جریان ندادن فدک توسط ابوبکر، زهرا بی‌جهت ناراحت شد که در پاسخ می‌گوییم زهرا (س) با دیگر زنان تفاوت دارد و خشم و رضایت او رضایت و خشم خداوند است.

ظلم ستیزی شیعیان در مقابل استعمارگران و ظالمان تاریخ یکی از ویژگیهای اختصاصی این مذهب است که برگرفته از معارف امامان معصوم است؛ در روایات صریح از پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌وآله) وارد گردیده که ایشان از به حکومت رسیدن ظالمان و ستمگران ابراز نگرانی می‌کرده و مسلمانان را از یاری رساندن به زمامداران زورگو باز داشته است.

خداوند در قرآن به صورت مستقیم و غیر مستقیم بیان داشته که علوم الهی که سعادت بشر در آن است را باید از اهل آن دریافت کرد و پیامبر هم در مناسبتهای مختلف به آن اشاره فرموده‌اند که علوم الهی در سینه من است و بعد از من به وصی من منتقل می‌شود و ... اولین وصی و جانشین من علی بن ابی‌طالب است، چرا که من شهر علم هستم و علی درب آن است و هرکس می‌خواهد بر من وارد شود، باید اول از درب آن وارد شود.

یکی از شبهاتی که اهل سنت مطرح می‌کنند اینکه ابوبکر بر جنازه فاطمه (س) نماز خواند و این دلیل بر رضایت فاطمه (س) از ابوبکر دارد، ولی طبق روایت صحیح بخاری، فاطمه (س) تا هنگام مرگ از شیخین ناراحت بود.