برخی از مخالفان اسلام، در جهت خرافی نشان دادن این دین، روایتی از مسخ افرادی که نافرمانی کردند را آورده و این گونه وانمود کردند که برخی حیوانات، از نسل انسان‌هایی هستند که به این شکل در آمده‌اند؛ در حالی که بر اساس اعتقاد مسلمانان، فرد مسخ‌شده پس از مسخ، تنها سه روز زنده می‌ماند و از او نسلی به شکل مسخ شده، باقی نمی‌ماند.

مخالفان شیعه، از سخن غیر دقیق یکی از مورخین، نسبت اشتباهی را در عقیده مهدویت به یکی از علمای شیعه داده و آن اعتقاد را صحیح دانسته‌اند. ابن‌ندیم به ابوسهل نوبختی نسبت داده که وی معتقد بود امام دوازدهم شیعه در غیبت مرده و فرزندش امام سیزدهم شده است؛ در حالی که او با نائب سوم امام مراوده داشت و در زمان همان نائب از دنیا رفت و چنین اتهامی به او، قطعاً صحیح نیست.

با استفاده از یک نقل غیر معتبر تاریخی، مخالفان دین با تقطیع، به گونه‌ای جلوه داده‌اند که طبق قانون اسلام، قتل‌های وحشیانه صورت گرفته، در حالی که فرد کشته شده، پیرزن سالخورده شریفی بوده است؛ در این باره باید گفت: این زن به پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله توهین کرده و توطئه قتل آن حضرت را طراحی کرده و به دستور وی کاروان مسلمانان، غارت شده بود و عده‌ای را کشتند؛ همچنین کشتن این زن معلوم نیست و قطعاً دستور اسلام و پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله نبوده است که از توصیه‌های حضرت در جنگ‌ها، مشخص می‌گردد.

برخی به جهت اینکه اثبات کنند که حضرت زهرا سلام‌الله‌علیها از ازدواج با علی بن ابی‌طالب علیه‌السلام ناراضی بود، به روایتی که در آن آمده حضرت گریه می‌کرد، تمسک کرده‌اند؛ اما تنها شاهد این شبهه همین گریه کردن است که امری طبیعی برای دختری است که بناست از خانواده خود جدا شود.

در رسانه‌ها شبهه کرده‌اند کسانی که به خدا اعتقاد ندارند، به دیگران کمک می‌کنند، ولی معتقدین به خداوند، به امید خدا بوده و کاری نمی‌کنند؛ درباره این شبهه می‌توان گفت که اعتقاد به خداوند به هیچ وجه، مانع کمک به دیگران نشده، بلکه در آیات و روایات نیکی به مردم، سفارش ویژه‌ای شده که به تناسب موقعیت، درآمد و جایگاه اجتماعی فرد، مورد انتظار است. در معارف دینی، غالباً عمل صالح در کنار ایمان ذکر شده و ضروری است.

برخی با طعنه به روزه‌داران گفته‌اند که این روزه‌ای که شما می‌گیرید، به درد فقرا نمی‌خورد؛ به جای روزه‌داری باید شبیه آنان شوید تا درکشان کنید. درباره وجوب روزه می‌توان گفت که این مورد و موارد دیگری که در روایات آمده است، جزء علت‌های وجوب نیست، بلکه از فواید، حکمت‌ها و اهداف روزه‌داری است و روزه‌داران باید به این سمت حرکت کنند که روزه آنها فقط گرسنگی و تشنگی نباشد.