برقعی که در جوانی کتاب‌هایی در دفاع از عقاید شیعه می‌نوشت، در اواخر عمر خود نوعی گرایش وهابی‌گری پیدا کرد و کتبی در نقد تشیع نوشت؛ وی بسیاری از ضروریات شیعه ازجمله مسئله امامت و منصوص بودن امر امامت را انکار کرد که با ذکر روایات متعدد ثابت می‌گردد که نص بر امامت وجود دارد.

برقعی با نفی عقیده شیعه در بحث امامت، آن را انحصاری نمی‌داند و می‌گوید ممکن است از بین فرزندان یک امام، یکی از برادران امام بعدی، امام گردد؛ برقعی به آیه‌ای استناد کرده که در آن آیه، امامت به معنی پیشوایی در غیر مناصب الهی به کار برده شده است.

برقعی از بزرگان قرآن‌بسندگی، برای اثبات ادعایش دلایل مختلفی ارائه کرده است؛ ازجمله اینکه انحصار هدایت در قرآن است. وی با استناد به برخی از آیات می‌گوید: «هدایت ذکر شده در قرآن، شامل همه‌ کس می‌شود، درنتیجه تمام مردم مکلفند هدایت خود را از قرآن فراگیرند.» این در حالی است که هدایت خداوند دارای مصادیقی است که قرآن یکی از آنها و هدایت معصومان(ع) هم مصداق دیگری از آن است.

مهم‌ترین عقیده قرآنیون این است که قرآن، یگانه منبع تشریع است. قرآنیون برای اثبات عقیده خود، مغالطه کرده و به برخی از آیات استدلال کرده‌اند؛ در حالی که خداوند متعال در قرآن کریم در آیات متعددی بر لزوم پیروی از پیامبران تأکید کرده و برای الگو گرفتن از انبیا، داستان‌های آنان را در قرآن نقل کرده است.

برقعی یکی از بزرگان جریان قرآن‌بسندگی است که منکر حجیت احادیث و ادعیه شیعه، از جمله زیارت جامعه کبیره است و پیرامون این فراز از زیارت جامعه کبیره «وَ مهبط الوحی» که در توصیف و معرفی ائمه (ع) آمده است می‌گوید: «این وصفی که در متن زیارت جامعه کبیره برای امام ذکر شده، فقط مختص رسول خدا(ص) بوده است و سایرین محل فرود وحی نیستند».

«یحیی محمد» از قرآنیون اهل سنت، منکر حجیت احادیث است؛ وی شبهه می‌کند که با توجه‌ به فاصله زمانی دوره ائمه(ع) و راویان عصر حضور تا زمان تألیف جوامع رجالی شیعه توسط نجاشی و شیخ طوسی که حدود سیصد سال فاصله است؛ چگونه می‌توان به توثیقات این بزرگان رجال اعتماد کرد؛ باید گفت وی اساس ارزیابی راویان را تنها بر اساس کتب رجالی دانسته و از سایر راه‌های اثبات وثاقت راوی (مانند توثیقات عام) غفلت کرده است.