بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، رهبران انجمن حجتیه برای اینکه اثبات کنند انجمن حجتیه با نظام جمهوری اسلامی همگام بوده، به دلایلی تمسک می‌جستند؛ از جمله اینکه نام برخی از شهدا را منتشر کردند و گفتند آنان سابقه عضویت درانجمن را دارند. این درحالی است که رهبران انجمن حجتیه هنگامی که حکومت بعث عراق به ایران حمله کرد، عکس‌العملی نشان ندادند و پس از مدتی با همان دلایلی که علیه رژیم شاه، مبارزه نکرده و حتی با آنان سازش کردند، شروع به محکوم کردن جنگ در زمان غیبت امام زمان (عج) کردند.

مقام معظم رهبری (مدظله): «بنده نظرم را راجع به انجمن حجتیه، روشن و صریح به شما می‌گویم. انجمن حجتیه قبل از انقلاب با انقلاب نبود؛ بعضی از افرادشان کار فعال ضد انقلابی هم می‌کردند؛ بعد که انقلاب پیروز شد، بسیاری از کسانی‌ که با انقلاب نبودند، بعد از آن‌ که عظمت و شکوه انقلاب را دیدند، به انقلاب پیوستند.»

انجمن حجتیه در شمار جریان‌های استعماری یا در جهت منافع استعمار و استکبار است؛ ازجمله رویه آن‌ها، بی‌اعتقادی رهبران آن به تشکیل حکومت اسلامی پیش از ظهور، عدم اعتقاد به ولايت فقيه و انحراف در بحث دشمن شناسی و پرداختن به مسائل تفرقه انگیز و خلاف وحدت است.

انجمن حجتیه در ابتدا که عراق به ایران حمله کرد، هیچ‌گونه عکس‌العملی مانند کلیه گروهک‌ها و مجامع بین‌المللی از خود نشان نداد و پس از مدتی با همان دلایلی که علیه رژیم شاه، مبارزه نکردند و حتی با آن سازش و در مواردی همکاری داشتند، شروع به محکوم کردن جنگ در زمان غیبت امام زمان (عج) کردند.

حمایت‌های محدود شهید بهشتی و مطهری برای هدایت انجمن بود، نه در راستای این‌که انجمن و عملکرد سیاسی آن را تأیید کنند؛ این بزرگواران می‌دیدند که عده‌ای از افراد، گروهی از جوانان مذهبی را دور خود جمع کرده‌اند، تمام تلاششان این بود که پیروان انجمن را از راه مسالمت‌آمیز به راه راست هدایت کنند تا به دامان سازمان مجاهدین خلق و یا سایر گروه‌های منحرف نیفتند.

حضرت امام خمینی (ره) در تلاش بودند تا علمای منفعل را یکی یکی نسبت به اقدامات ضد اسلامی رژیم پهلوی آگاه کرده و به اعتراض و شکستن سکوت دعوت کنند که برخی به این اقدام امام لبیک گفته و نسبت به اقدامات ضد اسلامی پهلوی موضع گرفتند؛ اما برخی مانند شیخ محمود حلبی مؤسس انجمن حجتیه و سایر رهبران انجمن نسبت به این اقدامات ضد اسلامی پهلوی، هیچ موضعی نگرفتند.