انحرافات و بدعت ها
از جمله تقابلات امام خمینی رحمةالله‌علیه با انجمن حجتیه این بود که ایشان با مبانی انجمن حجتیه در برداشت سطحی و عوامانه از اسلام و اندیشه «جدایی دین از سیاست» و همچنین با اندیشه «نامشروع دانستن حکومت اسلامی در زمان غیبت» مقابله کرد.
بسیاری از طرفداران انجمن سعی دارند با استناد ناقص به برخی خاطرات شخصیت‌های انقلابی، تأیید و همراهی بسیاری از چهره‌ها و شخصیت‌های بزرگ انقلاب اسلامی از جمله شهید مطهری را با خود مطرح کنند. این درحالی است که وقتی به مستندات مورد ادعای انجمن مراجعه می‌کنیم متوجه می‌شویم که این سخنان شهید مطهری، برای هدایت انجمن بوده است، نه در راستای این که بگویند انجمن حق و عملکرد سیاسی آن صحیح است.
یکی از اشکالات وارده بر انجمن حجتیه عدم اعتقاد آنان به ولایت فقیه و تشکیل حکومت اسلامی قبل از ظهور امام زمان عجّل‌الله‌فرجه است و بهترین دلیل برای نسبت دادن این ادعا به انجمن حجتیه سخنان خود شیخ محمود حلبی است که در یکی از سخنرانی‌هایش برای توجیه سکوت و عدم مبارزه با ظلم می‌گوید: «اول شما یک افسر و یک پیشوا و رهبر معصوم پیدا کنید، رهبری که بتواند اداره اجتماع کند؛ آن وقت بر من هم واجب است منبر را ول کنم هفت تیر به کمر ببندم، بروم جلو».
یکی از اشکالات وارده بر انجمن حجتیّه، عدم اعتقاد آنان به ولایت فقیه و تشکیل حکومت اسلامی قبل از ظهور امام زمان عجّل‌الله‌فرجه است. آنها می‌گویند که باید منتظر بود تا حاکم الهی معصوم ظهور نموده و تشکیل حکومت اسلامی دهد.حضرت آیت‌الله مصباح در پاسخ به این ادعای انجمنی‌ها فرمودند چرا برای تصرف در اموال امام صبر نمی‌کنید تا امام زمان بیاید؟!
از جمله مبانی رهبران و طرفداران «انجمن حجتیه»، عدم اعتقاد به ولایت فقیه و تشکیل حکومت اسلامی قبل از ظهور امام زمان عجّل‌الله‌فرجه است. این در حالی است که در زمان غیبت امام معصوم علیه‌السلام که حد مطلوب و ایده‌آل حکومت میسر نیست باید نزدیک‌ترین مرتبه به حد مطلوب را تأمین کرد و کسی که بیش از سایر مردم واجد این شرایط باشد باید زعامت و پیشوایی جامعه را عهده‌دار شود و چنین کسی جز فقیه جامع‌الشرایط شخص دیگری نخواهد بود.
یکی از اشکالات وارده بر انجمن حجتیّه این است که رهبران انجمن حجتیّه معتقدند باید ظلم زیاد شود تا حضرت مهدی عجّل‌الله‌فرجه ظهور فرمایند؛ اما رهبران و طرفداران انجمن می‌گویند اگر ما بر این عقیده بودیم، باید اجازه می‌دادیم تا بهائیت آزادانه فعالیت کند. در پاسخ می‌گوییم شاید برخی از آنان قائل به این نظریه نباشند؛ اما خواسته یا ناخواسته حاصل تفکرشان چیزی جز این نبوده است.
طرفداران «انجمن حجتیه» با استناد به برخی از روایات نهضت امام خمینی رحمت‌الله‌علیه را خارج از تعالیم اهل‌بیت علیهم‌السلام دانسته خون‌های ریخته شده در این راه را جز مایه رنج و اندوه شیعیان ندانسته و نمی‌دانند. اما استدلال رهبران و طرفداران انجمن حجتیه به این روایت، باطل است؛ زیرا مطابق با آنچه که امام خمینی رحمت‌الله فرمودند مراد و مقصود این روایت، این است که هر کس عَلمی به‌عنوان «مهدویت» بلند کند، آن عَلم، عَلم باطل است.
«انجمن حجتیه» با این توجیه که یکی از شرایط ظهور امام‌زمان‌عجل‌الله‌تعالی‌فرجه، فراگیری ظلم و ستم در تمام دنیاست، هرگونه مبارزه علیه حکومت‌های طاغوت را مردود می‌دانستند؛ شاید به همین دلیل بود که در زمان مبازه مردم با رژیم طاغوت، رهبران انجمن هیچ اقدامی نکردند و حتی زمانی‌که امام راحل تقیه را رسماً حرام کرده بود، یک اعلامیه هم از جانب رهبران انجمن در محکومیت جنایات حکومت پهلوی صادر نشد.
انجمن حجتیه در ابتدا که عراق به ایران حمله کرد، هیچ‌گونه عکس‌العملی از خود نشان نداد و پس از مدتی با همان دلایلی که علیه رژیم شاه، مبارزه نکردند، شروع به محکوم کردن جنگ در زمان غیبت امام زمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه کردند؛ اما بعد از مدتی برای اعتماد‌سازی، سعی کردند که نام برخی از شهدای شاخص دفاع مقدس را مصادره و در زمره طرفداران انجمن حجتیه معرفی کنند.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران و آشکار شدن چهره حقیقی برخی از رهبران «انجمن حجتیه»بسیاری از اعضا از تشکیلات انجمن جداشدند تا جایی که برخی از این افراد به نیروهای انقلابی پیوستند؛ اما تعدادی از اعضای انجمن در حوزه‌های علمیه یا بیرون از آن به منتقدان حکومت بدل شدند. به همین دلیل بود که حضرت امام رحمت‌الله علیه در مناسبت‌های مختلف، به‌ویژه در پیامی خطاب به‌روحانیت در سال‌های آخر عمر شریف خود «خطر متحجران و انجمن حجّتیه‌ای‌ها» را بزرگ‌تر از هر خطر دیگر توصیف کرد.
اعضای انجمن حجتیه، اعتقادی به مبارزه با رژیم سفاک و خون‌ریز پهلوی نداشتند و با شعار «جدایی دین از سیاست» نیروی خود را صرف عوامل کم اهمیت کرده و از مبارزه با اصل و ریشه فساد غافل ماند و به همین جهت مورد استقبال دربار و حکومت پهلوی قرار گرفت.
انجمن حجّتیه، یک تشکل مذهبی ویژه است که با هدف مبارزه با بهائیت، از اواسط سال 1332، در تهران و سپس سایر شهرها پدید آمد و تقابل اصلی انجمن حجتیه با انقلاب اسلامی و مبانی آن، در اسلام عوامانه و سطحی و اندیشه جدایی دین از سیاست بود؛ زیرا رهبران و طرفداران انجمن حجتیه، معتقد بودند که در زمان غیبت، ورود به عرصه سیاست، غلط و موجب لطمه به دین است.
با وجود اینکه رهبران انجمن حجتیه، هدف از تأسیس انجمن را مبارزه با فرقه بهائیت اعلام کرده بودند، اما این مبارزه، کلیت نداشت و فقط محدود به یک قلمرو خاص (مبارزه علمی) بود؛ زیرا در زمان حکومت پهلوی، بسیاری از پست‌های اساسی و کلیدی حکومت، مانند وزارتخانه‌ها در تسلط وزرای بهائی بود، اما با این وجود، رهبران و طرفداران انجمن حجتیه، هیچ موضعی در قبال اقدامات حکومت پهلوی و انتصاب افراد بهائی در پست‌های اساسی کشور نمی‌گرفتند.
ازجمله انحرافات «انجمن حجتیه» این بود که باعث شد وقت و نیروی بسیاری از جوانان مذهبی که می‌توانستند نقش مهمی در مبارزات انقلابی ایفا نمایند، تلف شود وهمچنین با تلقین ادای تکلیف در صورت مبارزه با بهائیت به جوانان، باعث شد که انگیزه مبارزه با رژیم سفاک پهلوی در آنان سست شود.