پاسخ به شبهات
برخی روایات شیعه با کلماتی بیان شده که از ظاهر آن، تجسیم و جسمانیت خداوند برداشت شده است؛ در توضیح آن گفته می‌شود، شیعه معتقد به عدم جسمانیت و مرئی بودن خداست و هر چه با آن منافات داشته باشد، باید تأویل گردد؛ رواياتی که در آن معرفت به خداوند محال خوانده شده، بر رؤيت با چشم ظاهر و روایاتی که وصول و لقاء خدا را ممکن دانسته، بايد بر رؤيت قلبی حمل گردند.
برخی روایات شیعه درباره زیارت امام حسین(ع) و عرضه اعمال بندگان، با کلماتی بیان شده است که از آن تجسیم و مکان داشتن برای خدا برداشت شده است؛ در توضیح آن گفته می‌شود، شیعه معتقد به عدم جسمانیت و مرئی بودن خداست و هر چه با آن منافات داشته باشد، باید تأویل گردد.
دشمنان شیعه به حدیثی از فروع کافی ایراد گرفته‌اند و برای قبولاندن به مخاطبانشان، در معنای روایت تحریف کردند. اگر به درستی معنا شود، هیچ قبحی در این گزارش وجود ندارد، بلکه مسئله‌ای منطبق بر علم و دین است. آراستگی برای همسر در معارف دینی تأکید شده و روانشناسان نیز رعایت آن را لازم می‌دانند.
در انتقاد به منابع حدیثی شیعه برای اثبات بطلان این مذهب، روایتی از شیخ صدوق را می‌آورند و ادعا می‌کنند قاتل امام رضا(ع) راوی آن است و آن حدیث را پذیرفته‌اند؛ در حالی که از یک روایت برداشت می‌شود شخص مذکور ممدوح باشد؛ نهایتاً اگر طبق برداشت برخی علما، وی را ضعیف بدانیم، مانند حدیث ضعیف با آن برخورد می‌کنیم.
به شیعه اتهام می‌زنند که آنان امیرالمؤمنین(ع) را خدا می‌دانند و برای اثبات آن به تفسیر یک آیه مثال می‌زنند؛ در پاسخ گفته می‌شود تأویل یک آیه غیر از معنای ظاهری آیه است و در آیه مذکور، کلمه رب، بر حضرت تأویل شده است که از نظر لغوی مانعی ندارد. لفظ مختص خداوند «رب» است اگر مطلق و به تنهایی بیاید و بر «رب» مضاف، معانی غیر خدا نیز اطلاق می‌گردد.
زنی از امام صادق(ع) درباره دوستی خلفا سؤال پرسید و حضرت به دوست داشتن آنها امر کرد؛ اما تقیه‌ای بودن این حدیث، از ادامه آن مشخص می‌شود. مخالفین ادعا دارند که این روایت تقیه‌ای نیست، در حالی که اگر روایت به طور کامل بررسی شود، مشخص خواهد شد که امام خود به این امر (دوستی شیخین) معتقد نیست.
شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند برای ایجاد امپراطوری خود، مردانی را با وعده بهشت تحریک كند و آنان بجنگند و خود شاهد كشته شدن آنها بوده و پیامبر خدا باشد! در پاسخ باید گفت با دقت در تاریخ صدر اسلام مشخص می‌گردد که پیامبر(ص) تدبیر می‌کردند تا حد امکان جنگی صورت نپذیرد و در صورت وقوع جنگ، از دو طرف، کمترین کشته داده شود.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، گردن شخصی را قطع كند، فقط برای اینكه آن زن باعث فراری دادن شدن شترهایش شد و او پیامبر خدا باشد! این استدلال، دروغ است و زنی به این دلیل به قتل نرسیده؛ مردی در زمان هجرت پیامبر(ص) بوده که مَرکب دختران حضرت را رم داده و منجر به سقط جنین و فوت ناشی از این افتادن شده که در فتح مکه، به سزایش رسیده است.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند زنی را ترور كند، فقط برای اینكه آن زن انتقادی از پیامبر خدا داشته است! این استدلال نیز از افراد غیرموثق و در روایات ضعیف نقل شده است و علمای جرح و تعدیل اهل‌سنت، آن را ضعیف و باطل دانسته‌اند.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، به پیروان خود اجازه دهد تا با بردگان و زنان اسیر شده در جنگ، رابطه جنسی داشته باشند و او پیامبر خدا باشد! با این استدلال قصد دارند اسلام را برای بهره‌مندی از بردگان، بی‌ضابطه جلوه دهند که دروغ است و بهره‌مندی از غلام برای صاحب مرد او وجود ندارد و بهره‌مندی از کنیز، شرایط خاصی دارد.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند فرزند خود را تشویق به ترک همسرش كند و خود (پدر) با همسر پسرش ازدواج كند و پیامبر خدا باشد! در پاسخ گفته می‌شود که زید فرزند پیامبر(ص) نبود بلکه فرزندخوانده حضرت بود؛ تشویق به طلاق نکرد، بلکه سفارش به عدم متارکه و تقوا پیشگی کرد؛ در نهایت فرمان خدا که ازدواج با زینب بود را عمل کرد.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند، شخصی از رهبران یهودی را در حد مرگ شكنجه دهد و او را بكشد، به جهت اینکه به همسر ۱۷ ساله او رسیده و پیامبر خدا باشد! در پاسخ گفته می‌شود که طبق نقل‌های تاریخی این دلیل دروغ است و پس از اسارت صفیه و به غنیمت بردن او توسط یک مسلمان، پیامبر متوه او شد و او را تکریم کرد.
آتئیست‌ها شبهه کرده‌اند که غیرممكن است مردی بتواند 800 نفر از مردان یهودی را گردن بزند، فقط برای اینكه آنها قبول نكردند كه رهبر آنها شود و او پیامبر خدا باشد! یکی از پاسخ‌هایی که در رد این دلیل گفته می‌شود این است که بر فرض پذیرش اقوال غیرمعتبر، به علت خیانت قبیله بنی‌قریظه در زمان حساس، عقوبت آنان کاری عقلایی، شرعی و عرفی و بر طبق حکم یهود بوده است.
مخالفین اسلام داستانی به امام هادی(ع) نسبت دادند که در مناظره‌ای درماند و دستور قتل شبانه آن فرد را صادر کرد؛ این قضیه سندیت ندارد. درباره محتوای مناظره نیز باید گفت ممکن نیست انسان در زندگی روزمره از غیر خدا استعانت نکند، پس حتماً منظور از استعانت نجستن از غیرخدا، استعانت همراه با عقیده به استقلال در سببیت است.