یکی از انحرافات در حوزه عرفان پژوهی یکی دانستن منشا عرفان و تصوف است. برخی از شیعیان هنگام بحث از عرفان، به جای شروع کردن از پیامبر خدا (ص) و امیرالمومنین علی (ع) از شخصیت‌های تراز اول صوفیه نام برده و آنها را بعنوان اولین عرفا مطرح می‌کنند. همین امر موجب انحراف در این حوزه می‌شود.

از آثار مهمی که در نقد صوفیه به رشته تحریر درآمده است، می‌توان کتاب "خرقه می آلود" را نام برد. این کتاب اثر حسن یوسفیان است که به رویکرد شریعت‌گریزی صوفیان انتقاد کرده و بعد از بیان برخی از عقاید صوفیان که منجر به شریعت‌گریزی ایشان می‌شود، آنها را بررسی و نقد کرده است.

برخی به بهانه‌های مختلف دانسته یا ندانسته فلسفه و عرفان را نقد می‌کنند و حال‌آنکه در هیچ کدام از این دو علم تخصصی ندارند. دراین‌باره به قسمتی از مصاحبه‌ای در موضوع مورد نظر با آیت الله فیاضی اشاره کرده و دلایل ایشان را می‌بینیم. ضمن آنکه ما مدعی اشکال نداشتن علومی ذکر شده نیستیم ولی باید فرق گذاشت بین نقد از روی علم یا تعصب.

درحالی که برخی از مخالفان عرفان اسلامی با جعل اسناد تاریخی و دروغ‌گویی سعی در خدشه وارد کردن به چهره روحانی آیت الله سید علی قاضی طباطبایی دارند، و از این طریق علمای هم‌عصر آیت الله قاضی را از مخالفان ایشان می‌شمارند، اصل ماجرا آن چیزی است که آیت الله شبیری زنجانی به آن اشاره می‌کنند.

یکی از بهترین نعمت‌های الهی در انسان، نعمت عقل است که ارزشمند بودن آن در این است که انسان را از دیگر موجودات متمایز و حتی برتر از آنان قرار می‌دهد. اما عده‌ای مانند فرقه صوفیه عقل را تحقیر و حتی در بعضی موارد آن را انکار کردند، که این عقیده، کاملا مخالف قرآن و روایات است.

برخی از صوفیه نسبت‌های ناروا به فقها و علمای ربانی زده و ایشان را علمای ظاهر و قشری خوانده و خود را رهبران طریقت و باطن می‌پندارند. از این رو مریدان خود را از ملاقات با علما و فقها نهی می‌کنند. اما باید دانست که این نسبت تهمتی ناروا بیش نبوده و از ترس آگاه شدن مریدان از انحراف‌شان چنین دستوراتی به آنها می‌دهند.