فهم ناصحیح آیات قرآن، یکی از مهم‌ترین بلایایی است که امروزه گریبان‌گیر بسیاری شده است. بدین‌سان که برخی از جریان‌های انحرافی، برای اثبات مدعای غلط خود، آیات متعددی را اشتباه معنی کرده و بدان استناد می‌کنند؛ نمونه بارز چنین کارهایی را از سید ابوالفضل برقعی به وفور مشاهده کرده‌ایم؛ برقعی سعی دارد با فهم غلط از آیات اموری هم‌چون توسل، طلب شفاعت و استغاثه از اولیاء الهی را عبادت غیرالله و ممنوع اعلام کنند.

يكی از آياتی كه به اعتقاد شیعه، دلالت بر ظهور امام زمان (عج) دارد، «آيه استضعاف» است؛ اما «سید ابوالفضل برقعی» از چهره‌های «قرآنیون»، سعی دارد اثبات کند که مستضعفان این آیه، بنی‌اسرائیل هستند و لاغیر که در پاسخ باید گفت: بر اساس قاعده جری و تطبیق، آیه استضعاف هم‌چنان جاری است و علاوه بر سبب نزول آن، می‌تواند اشاره به قومی داشته باشد که در آینده خواهند آمد.

طباطبایی، از چهره‌های شاخص «قرآنیون»، با وجود اینکه خود را پیرو قرآن می‌داند، اما هر کجا که آیات قرآن را بر خلاف نظر خود ببیند، مشکل را از آیات قرآن می‌داند. وی بعد از ذکر آیه 39 سوره یوسف، می‌نویسد: «مشکل این آیات این است که ظاهراً می‌رساند مشرکان، شرک در توحید خالقیت داشتند؛ حال آنکه هیچ مشرک و کافری، در طول تاریخ از جهت توحید در خالقیت، شرک ندارد؛ بلکه در توحید «الوهیت»، غیر خدا را عبادت می‌کردند». این گونه ادعاهای عجیب از جانب قرآنیون، به دلیل فاصله گرفتن از سنت رسول خدا (ص) و انکار حجیت سنت است.

قلمداران از قرآنیون شیعه ایران، تنها با استناد به برخی از احادیث و کنار گذاشتن سایر روایات ادعا می‌کند که رسول خدا (ص) از زیارت قبور نهی فرموده است؛ این درحالی است که روایات مختلفی در زمینه جواز زیارت قبور، از رسول خدا (ص) نقل شده است.

قلمداران شبهه می‌کند مسئله امامت که این قدر مهم است و روایات زیادی در این زمینه صادر شده چرا در قرآن نسبت به این مسئله پرداخته نشده تا مسلمانان دچار ضلالت و گمراهی نشوند ؟ پاسخ شبهه در حدیثی از امام صادق (ع) بیان شده که به آنها بگویید نماز بر رسول خدا (ص) نازل شد، اما نفرمود سه رکعت است یا چهار رکعت، تا اینکه پیامبر (ص) آن را شرح کرد؛ زکات نازل شد و نفرمود که از دراهم چقدر زکات آن است و نیز آیه اولی الامر نازل شد و این پیامبر بود که آنها را تفسیر کرد؛ در حقیقت، این آیه در حقّ علی، حسن و حسین (ع) نازل شده است.

قلمداران، از چهره‌های شاخص قرآنیون، معتقد است احادیثی چون حدیث غدیر که در امامت منصوصه حضرت علی (ع)، بدان استناد می‌شود، در نظر اصحاب رسول خدا (ص)، به قدری از این مطلب دور بوده که کسی نمی‌توانست از آن برای نص بر امامت استناد و از آن در این مقصود استفاده کند؛ این ادعا، خلاف واقع است؛ در کتب معتبر بزرگان فریقین، موارد بی‌شماری وجود دارد که اصحاب به حدیث غدیر استناد کرده‌اند.