برقعی که بسیاری از عقاید شیعه را منکر شده، از جمله مسائلی که برقعی انکار کرده و از مصادیق شرک قلمداد می‌کند، مسئله توسل است؛ در حالی‌که توسل به انبياء، ائمه و صالحان (ع) يكي از باورهايي است كه تمام مسلمانان در طول تاريخ بر آن اجماع و اتفاق داشته و عملاً نيز بر اين باور پايبند بوده‌اند؛ برقعی با تأثیرپذیری از آراء محمد بن عبدالوهاب، فرياد سر داده كه هر نوع توسل به اموات شرك است.

ازجمله مسائلی که برقعی آن را انکار کرده، مسئله مهدویت است؛ این در حالی است که اعتقاد به ظهور مصلح آخرالزمان که نامش «مهدی» و از اولاد پیامبر (ص) است، مورد اتّفاق همه فرق و مذاهب اسلامی‌ است.

سید ابوالفضل برقعی یکی از بزرگان جریان قرآنیون برای توجیه حمله خلیفه دوم به ایران و جهاد خواندن آن، سخن امیرمؤمنان علی (ع) را شاهدی بر مدعای خویش می‌داند؛ در پاسخ باید گفت که هر استنادی از متن خطبه به مطلبی خارج از آن، نیازمند قرینه است که به آن مستند شود که نه برقعی و نه دیگرانی که در شرح خود به آیه‌ای اشاره کرده‌اند، قرینه‌ای بر کلام خود اقامه نکرده و کلام خود را متقن نساخته‌اند.

ابوالفضل برقعی از سردمداران فرقه قرآنیون، به دنبال تضعیف بزرگان حدیثی شیعه از جمله مرحوم کلینی است و در این زمینه، ادعاهای بی‌اساسی مطرح کرده است که هیچ پشتوانه علمی نداشته و صرفاً یک نظر شخصی است. بزرگان علم رجال، نظراتی غیر از نظرات برقعی در مورد مرحوم کلینی ذکر کرده‌اند.

از شبهات وهابیت در ایام فاطمیه این است که چگونه می توان باور داشت كه با وجود حضرت علی (ع) در درون منزل، همسر او درب را باز كرد؟ چرا حضرت علی (ع) برای بازكردن درب منزل نرفت؟ در پاسخ به این شبهه می‌توان گفت آنچه از برخی روايات استفاده می‌شود این است که حضرت فاطمه (س) نزديک درب ورودی منزل نشسته بود و با ديدن عمر و همراهان وی، درب را به روی آنان بست.

به جریان افراطی قرآنیون که با استناد به برخی از آیات، قرآن را برای بشر کافی می دانند و حجیت سنت پیامبر (ص) را زیر سؤال می برند، باید گفت مهمترین دلیل اعتبار سنت، پذیرش رسالت ایشان است؛ زیرا مهمترین سخن و ادعای پیامبر خدا (ص) ادعای پیامبری از جانب باری تعالی و نزول فرشته وحی بر ایشان است. پذیرش این جایگاه از جانب مسلمانان، مستلزم آن است که سخنان دیگر ایشان نیز معتبر شمرده شود.