طباطبایی از چهره‌های شاخص جریان قرآنیون در قرائتی نوین از آیات، به انکار شفاعت مورد قبول مسلمانان پرداخته و ادعا کرده است که شفاعت در واقع «تأثیر مخلوق بر خالق» است؛ بنابراین چنین بینشی را «شرک» و در تضاد با توحید می‌داند؛ این درحالی است که خود طباطبایی در جلسات تفسیری خود تصریح می‌کند که وجود پیامبر رافع عذاب است؛ یعنی حضور مخلوقی در رأی خالق تأثیرگذار است.

سید ابوالفضل برقعی ادعا می‌کند که خداوند از تمام کسانی که با رسول خدا صلی‌الله‌علیه‌وآله بوده‌اند و با ایشان بیعت کردند خشنود است و به آنان وعده بهشت داده است. در پاسخ به این ادعا باید گفت که رضایت خداوند، شامل تمامی کسانی که در آن روز با رسول خدا صلی‌الله‌علیه‌وآله بیعت کرده‌اند نمی‌شود؛ بلکه تنها شامل کسانی می‌شود که با ایمان قلبی بیعت کرده‌اند؛ زیرا خداوند در قرآن، رضایت خود را مشروط به داشتن ایمان کرده است.

سید ابوالفضل برقعی از چهره‌های شاخص جریان قرآنیون است که بنا به گفته خودش، تنها بر آنچه که به صراحت از قرآن می‌فهمد تکیه می‌کند و بسیاری از احادیث نقل شده را رد می‌کند، وی همچنین از برخی عقاید امامیه فاصله گرفته و به اعتقادات وهابیت روی آورده است.

مصطفی طباطبایی، یکی از چهره‌های شاخص جریان قرآنیون، علی‌رغم اینکه در تفسیر اکثر آیات قرآن، همانند مفسران وهابی، ظاهر آیات را مبنا قرار داده، اما در آیات مربوط به معجزات پیامبران، از ظاهر عدول کرده و نسبت فاعلیت این معجزات به پیامبران را مجازی دانسته و منکر ولایت تکوینی انبیا شده است.این درحالی است که از آیات قرآن استفاده می شود که بعضى از معجزات، کار انبیاء و به فرمان خدا است و بعضى دیگر کار خداوند است، ولی هر دو سرانجام به اراده الهى باز مى گردد و هیچ گونه منافاتى با اصل توحید ندارد.

قرآنیون معتقدند: چون که در سنّت نبوی؛ یعنی اخبار و روایات، وضع حدیث و جعل اخبار صورت گرفته؛ لذا نمی‌توان به اخبار حاکی از سنت اعتماد کرد و در نتیجه حجیتی هم ندارد. پاسخ: اگرچه قابل خدشه بودنِ برخی احادیث از جهت متن یا سند قابل پذیرش است، اما نمی‌توان کلیت سنت را بخاطر وجود روایات ضعیف مورد انکار قرار داد؛ زیرا چالش‌هایی که در مسیر احادیث قرار گرفته را می‌توان تا میزان بسیار زیادی به‌وسیله علم رجال و تشخیص وثاقت و عدالت راویان برطرف نمود.

قرآنیون معتقدند که گفتارها و رهنمودهای پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله مختص دوران ایشان است و این گفتارها سایر دوره‌ها را شامل نمی‌شود. این درحالی است که خداوند متعال در قرآن کریم، رسالت حضرت پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وآله را رسالتی ابدی و جهانی معرفی کرده و بر همه‌ زمانی و همه مکانی و شمول ابدی آن بسیار تأکید نموده است.