یکی از مواردی که احمدالحسن بصری به شدت از آن هراسان است، بحث مرجعیت دینی است. در همین راستا وی شروع به تکفیر مراجع می‌کند و شبهاتی را مطرح می‌کند که در آن رجوع مردم به مرجعیت را زیر سوال می‌برد برای نمونه وی بخشی از آیه 122 سوره‌ی توبه را مثال می‌زند که آیا تقلید از غیر معصوم جایز است؟

محمدعلی طاهری در شبه‌عرفان خود مریدانش را از ذکر الهی باز می‌دارد و براین باور است که ذکر گفتن بدون حفاظ، مساوی است با آلوده شدن شخص و سرانجامش افسردگی است. این درحالی است که خداوند متعال در قرآن خود، تنها راه آرامش را در یاد خود می‌داند و می‌فرماید: «آگاه باشید که تنها یاد خدا، آرامش‌بخش دلهاست»...

احمد الحسن انتخابات را باطل می‌داند و شرکت در هرگونه انتخابات را جایز نمی‌داند. اما علاء سالم که یکی از نزدیک‌ترین افراد به وی می‌باشد و از سران مکتب نجف است، خلاف این را بیان می‌کند. و به صراحت انتخابات را جایز می‌داند؛ حال این بام دوهوا چگونه حل خواهد شد؟ آیا علاء سالم حرف امام خود را قبول ندارد؟!

محمدعلی طاهری در شبهه عرفان حلقه‌ی خود، آموزه‌هایی خلاف شریعت اسلام مطرح می‌کند. یکی از این مبانی اعتقاد به بی‌قبلگی است. وی تفسیر و برداشت غلطی از آیه قرآن می‌کند و می‌گوید: «فأینما تولوا فثمَّ وَجهُ اللهِ» و این‌گونه ترجمه می‌کند: «به هرجا که نگاه کنیم روی او را خواهیم دید»...

یکی از ادعاهای احمدالحسن بصری، ادعای نیابت خاصه از امام عصر(علیه‌السلام) است. وی می‌گوید: «هرگز نگفته‌ و نمی‌گویم که من امام مهدی(علیه‌السلام) هستم، بلکه من مهدی اول از اولاد امام و فرستاده و جانشین او و یمانی هستم.» با بررسی روایات مشاهده می‌کنیم، کسانی که ادعای نیابت در عصر غیبت داشته باشند دروغگو شمرده می‌شوند.

محمدعلی طاهری در شبه عرفان کیهانی خود از مبانی مبهمی نام می‌برد که یکی از آن‌ها شعور کیهانی است. وی تعبیرات مختلفی از قبیل هوشمندی کیهانی، روح‌القدس، شعور و آگاهی خداوند، جبرئیل و غیره بیان می‌کند که ناسازگاری زیادی در هماهنگی بین این تعبیرات وجود دارد که با این تعبیرات حقیقت آن مبهم است.