آقای علی يعقوبی يك سلسله بحث‌هايی را به نام نظام عالم ارائه كرده است، وی هدف خود از طرح اين سلسله بحث‌ها را چنين بيان می‌كند: «می‌خواهيم اين را مطرح كنيم كه خداوند متعال نظام عالم را چگونه بنا كرده است، چه قوانينی، چه رفتارهايی و چه اجزايی در نظام عالم قرار داده است». آن‌چه بيشتر در اين سلسله بحث‌ها جلوه‌گر بوده مسئله «نظام كلماتی» است.

علامه طباطبایی در مورد حجیت سنت و احادیث پیامبر (ص) می گوید: قول رسول خدا (ص) هم در بیان آیات قرآن و هم در تفسیر آن، چه آیاتی که نسبت به مدلول خود صراحت دارند و چه آنهایى که متشابهند، حجت است.

سنت، بعد از قرآن دومین منبع استنباط احکام نزد شیعه و اهل سنت بوده و بسیاری از احکام فقهی که توسط پیامبر اکرم (ص) تشریع شده در قالب احادیث و روایات به ما رسیده است؛ اما عده‌ای فقط قرآن را تنها منبع و مصدر تشریع دین می‌دانند، مانند فرقه قرآنیون که فقط قرآن را حجت می‌دانند و سنت را انکار می‌کنند.

جریان قرآنیون در مفهوم گیری از آیات، کلام الهی را بی نیاز از سنت دانسته و آیات الهی را برای همه قابل‌ فهم می دانند؛ در صورتی که سعادت انسان در دنیا و آخرت وابسته به شناخت دقیق آموزه‌های اسلام و عمل به رهنمودهای آن است که این رهنمودها علاوه بر قرآن، به واسطه سنت هم بیان شده است.

خداوند قرآن را به گونه‌ ای نازل کرده که نور و هدایت است و بیانگر همه چیز؛ پس دلیل نیاز به تفسیر قرآن چیست؟ قرآن معارفی را كه بشر به آن نيازمند است، در حجم بسيار اندک از الفاظ، ارايه كرده است؛ اين امر سبب شده كه فهم بخشی از آيات، نيازمند دقت بيشتر و تحقيق عميق‌ تری برای پی بردن به مقصود خداوند باشد. بنابراين ضرورت ايجاب می‌ كند که تفسیری برای آیات قرآن وجود داشته باشد.

ابن عربی نگاهی متناقض و متضاد با نگاه علمای شیعه به بحث ایمان فرعون دارد. او در کتاب خود به استناد آیه‌ای از قرآن، فرعون را جزء مؤمنان به خدا معرفی می‌کند و بر این نظر تأکید دارد که خداوند روح فرعون را آنگاه قبض نمود که او ایمان آورده بود. این درحالی است که مفسرین شیعه خلاف این ادعا را قائل هستند و معتقدند که این آیه نشان‌گر بی‌ایمانی و عدم قبول توبه او در لحظه مرگ است.