در قزوين به علت عقيده خاص شيخ در باب معاد جسماني از جانب ملا محمد تقي بَرَغاني، معروف به شهيد ثالث، مورد تکفير قرار گرفت که در پي آن جمعي از علما و بسياري از مردم خود را از شيخ دور کردند، تلاش «شاهزاده ركن الدوله علينقي ميرزا»، حاکم قزوين نيز براي آشتي دادن شيخ احمد و مرحوم برغاني نه تنها فايده‌اي در بر نداشت بلکه موجب انتشار هرچه بيشتر خبر اين تکفير شد شيخ احمد احسايي ناچار از قزوين به مشهد و سپس به يزد و از آنجا به اصفهان و کرمانشاه رفت ولي اين بار در تمام شهرها با سردي از او استقبال شد، گر چه هنوز هم کما بيش از پايگاه مردمي برخوردار بود. اما انتشار خبر تکفير از سوي برغاني به عنوان عالمي نامدار تأثير خود را گذاشته و موجب نگراني علما از وي و صدور فتاواي مشابهي در کربلا ونجف شد!(1)
ابوالقاسم خان ابراهیمی می‌نویسد: « تا يكي دو سال بآخر حيات ايشان مانده بود و قضيه عجيبي پيش آمد و آن قضيه حكايت تكفير شيخ بزرگوار بود كه در شهر قزوين حادث شد و من در صدد ذكر جزئيات قضيه نيستم و صاحب قصص‌العلماء هم شرحي از مسموعات خود در اين باره نوشته و فقط چيزي كه مسلم است و قابل انكار نيست و از مجموع روايات مختلفه پيدا است همانا مسأله تكفير است كه قطعا واقع شده و مرتكب اول آن مرحوم ملا محمدتقي برغاني معروف به شهيد ثالث بود »(2)

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
پي نوشت:

 1 .«قصص العلماء، ميرزا محمد تنكابنى، تهران، انتشارات علميه اسلاميه »، ص42
 2 .فهرست»، ص190