مسیحیت
پاپ اخیراً دکترین استکشاف را بی‌اعتبار دانست. این دکترین به فاتحان مسیحی آمریکای لاتین اجازه داده بود که املاک بومیان را برای خود تصرف کنند، چرا که آنها این قاره را کشف کرده‌اند. مسیحیت در برخی مناطق آمریکای لاتین با کشتار و زور تفنگ گسترش پیدا کرد. در برخی موارد مانند قبیله چاررواس که حاضر به مسیحی شدن نشدند، همه افراد قتل‌عام شدند.
فساد مالی یکی از چالش‌هایی بود که مسیحیت در قرون وسطا را تهدید می‌کرد. سردمداران کلیسا در این دوره مقامات کلیسایی را به ازای دریافت پول، خرید و فروش می‌کردند. در برخی مواقع خودشان مناصبی را ابداع کرده و به داوطلبان، در ازای دریافت پول واگذار می‌کردند. پاپ پیوس دوم، طی نامه‌ای به این انحرافات اعتراف می‌کند.
آزادی مطلق، هرگز محقق نمی‌شود و تنها می‌توان از حدود آزادی صحبت کرد. مسیحیت نیز قید و بندهای اخلاقی زیادی برای پیروانش وضع کرده. مسیحیان باید از لحاظ جنسی زندگی پاکی داشته باشند. زنان مسیحی نیز باید موقر و با حیا باشند. میگساری نیز در مسیحیت مردود است.
طی حکمی که پاپ نیکولاس سوم برای مبارزه با دگراندیشان مسیحی ابلاغ کرد، کسانی که اعتقادی متفاوت با اعتقادات کلیسای کاتولیک داشتند، به شدیدترین مجازات محکوم می‌شدند. طبق این نامه کسانی که مظنون به بدعت بودند باید خود را تبرئه می‌کردند وگرنه کلیسا آنها را تکفیر و لعن می‌کرد و هیچ کس حق ارتباط یا پناه دادن به او را نداشت.
برخلاف انچه امروز مسیحیان مدعی هستند تاریخ مسیحیت اثبات کرده که هیچ نطر مخالفی را تحمل نمی‌کند. دوران تفتیش عقاید نمونه بارز این مسئله است. توماس آکویناس نیز جرم بدعت گذاران را بیشتر از جاعلان پول دانسته و آنها را مستحق اعدام می‌داند.
مسیحیان ادعا می‌کنند از آنجا که نام حضرت عیسی(ع) بیشتر از نام حضرت محمد(ص) در قرآن ذکر شده، پس طبق قرآن، حضرت عیسی مقامش بالاتر است. این در حالی است که حضرت رسول (ع) گرچه نامشان زیاد تکرار نشده اما با القاب زیادی به ایشان اشاره شده است. ضمن اینکه ذکر نام، دلیل بر برتری نیست و نام حضرت موسی(ع) بیشتر از حضرت عیسی(ع) ذکر شده.
در کتاب اول پادشاهان که یکی از کتب مقدس مسیحیان است، شاهدیم که به کتابی استناد ارجاع داده شده که نه تنها وجود ندارد؛ بلکه جزو کتب مقدس هم نیست و انسان او را نوشته است. برخی اشکال می‌کنند که چگونه می‌شود کتابی که ادعای وحی دارد به کتابی که دست نوشته است ارجاع داده است؟ آیا اعتبار منابع بشری از منابع الهی بیشتر است؟
در مورد نظر مسیحیت در مورد زن باید گفت کتاب مقدس مسیحیان نظرات مثبتی نسبت به زنان ندارد. طبق تورات، این زن بود که مرد را تشویق به خوردن میوه درخت ممنوعه کرد و باعث سقوط آدمی شد. عهد عتیق نیز قوانین سرسختی برای زنان وضع کرده است. در عهد جدید پولس زن را موجودی برای مرد و در رتبه‌ای پایین‌تر می‌داند.
مسیحیان با وجود اینکه معتقد به تثلیث هستند، خود را موحد نیز می‌دانند. اینکه اعتقاد به الوهیت سه شخص با یکتاپرستی، چگونه جمع می‌شود، الهی دانان مسیحی را به چالش می‌کشد. مسیحیان در نهایت به این نتیجه رسیده‌اند که تثلیث را بدون اینکه بفهمند، بپذیرند.
سوسینیانیزم یکی از گروه‌های اصلاحگر مسیحی بودند که در قرن 17 میلادی به وجود آمد. پیروان این فرقه، الوهیت حضرت عیسی (ع) را قبول نداشتند، کتاب مقدس را حاوی اشکالات می‌دانستند و معتقد بودند گناه اولیه مخالف منطق است و هرچه با عقل در تعارض باشد، نمی‌تواند وحی خدا قلمداد شود.
با وجود تصدیقاتی که قرآن از کتاب مقدس دارد؛ اما از مقایسه برخی آیات قرآن و آموزه‌های کتاب مقدس می‌توان به تحریف این کتاب پی برد. قرآن انبیا را معصوم می‌داند، در حالی که کتاب مقدس برای آنها عصمت قائل نیست. قرآن کتاب الهی را مصون از اختلاف می‌داند، در حالی که در کتاب مقدس شاهد اختلافات هستیم. همه اینها باعث شده برخی محققین نه تنها کتاب مقدس را تحریف شده؛ بلکه جعلی بدانند.
شاهدان یهوه یکی از فرقه‌های مسیحی هستند که عقاید متمایزی با جریانات اصلی مسیحت دارند. آنها تثلیث را نمی‌پذیرند و خدای واقعی را یهوه می‌دانند. شاهدان یهوه همچنین بازگشت ثانویه مسیح را بازگشتی روحانی تعبیر می‌کنند که از سال 1914 شروع شده است.
برخی مستشرقین شباهت داستان‌های قرآن با روایات تورات و انجیل را دلیل بر رونوشت قران از آن کتاب‌ها می‌دانند، این در حالی است که این شباهت به دلیل داشتن منبع الهی مشترک است نه به خاطر رونوشت کردن. قرآن کریم ضمن اشاره به داستان‌های کتاب مقدس، آموزه‌های باطل آنها را نفی کرده است.
مسیحیان ادعا می‌کنند که اینکه قران کریم گفته نام حضرت یحیی (ع) بین یهودیان سابقه نداشته اشتباه است و این نام در آن زمان متداول بوده است. آنها برای اثبات ادعای خود نام یوحانان را ذکر می‌کنند در حالی که این نام، در ریشه با یحیی متفاوت است و افرادی که در عهد جدید یحیی نام داشته‌اند، بعد از تولد حضرت یحیی (ع) به دنیا آمده‌اند.