مـحـمـد بـن زيـد كـوچـكـترين فرزندان زيد شهيد است و او را در عراق اعقاب بسيار بوده ، كـنـيـتـش ابـوجـعـفـر، فـضـلى بـسـيـار و نـبـالتـى بـه كمال داشت ، و قصه اى از فتوت و جوانمردى او معروف است كه ( داعى كبير ) آن را بـراى سـادات و عـلويـيـن نـقـل كـرده كـه آن را سرمشق خود قرار داده و به آن طريق رفتار نـمايند، و ما آن قصه را در ذكر اولاد حضرت امام حسن عليه السلام نگارش داديم به آنجا رجوع شود.
و پسرش محمد بن محمد بن زيد همان است كه در ايام ابوالسّرايا يا در سنه صد و نود و نـه بـعـد از وفـات مـحـمـد بـن ابـراهـيـم طـبـاطبا مردم با وى بيعت كردند و آخرالا مر او را گـرفـتـه بـه نـزد مـاءمـون در مـرو فـرسـتـادنـد و در آن وقـت بـيـسـت سـال داشـت ، ماءمون تعجب كرد از صغر سن او، با وى گفت : ( كَيْفَ رَاَيْتَ صُنْعَ اللّهِ بِاْبِنِ عَمَّكَ؟ ) محمد گفت :
                                                       رَاَيْتُ اَمينَ اللّهِ فِى الْعَفْوِ وَالْحِلْمِ
                                                                                                              وَ كانَ يَسيرا عِنْدَهُ اَعْظَمُ الْجُرْمِ
گـويـنـد چـهل روز در مرو بود آنگاه ماءمون او را زهر خورانيد و جگرش پاره پاره شده در طـشـت مـى ريـخت و او نظر مى كرد به آنها و خلالى در دست داشت و آنها را مى گردانيد. و مـادرش فـاطـمه دختر على بن جعفر بن اسحاق بن على بن عبداللّه بن جعفر بن ابى طالب بوده است .
و پسر ديگرى جعفر بن محمد بن زيد مردى عالم و فقيه و اديب و شاعر و آمر به معروف و نـاهـى از مـنـكـر بـوده در كـلاجـر نيشابور به خاك رفته ، كذا فى بعض ‍ المشجّرات ، و ظاهرا او است پدر احمد سكّين كه بيايد ذكرش بعد از اين .
و بـدان كـه از احـفاد محمد بن زيد است ، سيد اجل وحيد عصره و فريد دهره صدرالدّين على بـن نـظام الدّين احمد بن مير محمد معصوم مدنى مشهور به سيد عليخان شيرازى جامع جميع كمالات و علوم ، صاحب مؤ لفات نفيسه مانند ( شرح صمديه ) و ( شرح صحيفه ) و ( سلافة ) و ( انوار الربيع ) و ( سلوة الغريب ) و غير ذلك . وفـاتـش سـنـه هزار و صد و نوزده در شيراز واقع شده و قبرش در شاه چراغ نزديك قبر سـيـد اجـل سـيـد مـاجـد است ، پدران سيد عليخان همگى علما و فضلا و محدثين بوده اند، در كـتـاب ( سـلافـة العـصـر من محاسن اءعيان العصر ) در ترجمه والدش نظام الدين احمد، فرمود:
( اَمـامُ ابْنُ اِمامٍ وَ هُمامُ ابْنُ هُمامُ هَلُمَّ جَرّا اَلى اَنْ اُجاوِزَ الْمَجَرَّةَ مَجَرّا لا اَقِفُ عَلى حَدٍّ حَتّى اِنـْتـهـِىَ اِلى اَشـْرَفِ جـَدٍّ وَ كـَفـى شـاهـِدا عـَلى هـذا الْمـَرامـِ قَوْل اَحَدِ اَجْدادِهِ الْكِرامِ لَيْسَ فى نَسَبِنا اِلاّ ذُوفَضْلٍ وَ حِلْمٍ حَتّى نَقِفَ عَلى بابِ مَدينَةِ الْعِلْمِ.(162))
و از جـمـله پـدران او اسـت اسـتـاد البشر والعقل الحادى عشر غياث الدّين منصور دشتكى كه قاضى نوراللّه در ( مجالس ) در ترجمه او فرموده : خاتم الحكماء و غوث العلماء الا مير غياث الدّين منصور شيرازى آنكه ارسطو و افلاطون بلكه حكماى دهر و قرون اگر در زمـان آن قـبـله اهل ايمان بودندى مفاخرت و مباهات به انخراط در سلك مستفيدان و ملازمان مجلس عاليش نمودندى انتهى .(163)
گـويند در بيست سالگى از ضبط علوم فارغ گرديده و در چهارده سالگى داعيه مناظره با علامه دوانى در خود ديده ، در سنه نهصد و سى و شش كه زمان سلطنت در كفّ با كفايت شـاه طـهـماسب صفوى بود آن جناب به صدارت عظمى رسيد ملقب به صدر صدور ممالك گرديد، و در سنه نهصد و سى و هشت جناب خاتم المجتهدين محقق كركى از عراق عرب به تـبريز آمد و از جانب سلطان نهايت احترام مى ديد به امير غياث الّين مذكور در طريقه محبت مـسـلوك فـرمـود.
گـويـند كه اين دو بزرگوار با هم قرار دادند كه در يك هفته جناب محقق ( كـتـاب شـرح تـجـريـد ) را نزد مير بخواند و در هفته ديگر جناب مير ( كتاب قـواعـد ) را از جـنـاب مـحـقـق اسـتـفـاده نـمـايـد. مـدتـى بـر ايـن مـنـوال گذشت تا آنكه مفسدين سخنى چينى كردند و مابين اين دو بزگوار را به هم زدند، پـس جـنـاب مـيـر، از مـنـصـب صـدارت اسـتـعـفـا و عـود بـه شـيـراز نمود و در سنه نهصد و چـهـل و هـشت به رحمت ايزدى پيوست و در جوار مزار پدر بزرگوارش به خاك رفت ، و آن جـنـاب را مـنـصـنـفـات بسيار است كه ذكرش در اينجا مهم نيست و والد ماجدش سيد الحكماء و المدقّقين ابوالمعالى صدرالّين محمد بن ابراهيم است كه معروف به صدرالدّين كبير كه قـاضـى نـوراللّه در تـرجـمـه او فـرموده : آباء و اجداد امجاد او تا حضرت ائمه معصومين عليهم السلام همگى حافظ احاديث و حامل علوم شرعيه بوده اند انتهى .(164) از مـاءثـر او، مـدرسـه رفـيـعـه منصوريه است در شيراز، در سنه نهصد و سه از دنيا رحلت بفرمود.
و از جـمـله اجـداد ايـشان است نصرالدّين ابوجعفر احمد سكّين كه مقرب به خدمت حضرت امام رضا عليه السلام بوده و آن حضرت ( فقه الرضا ) را به خط مبارك خويش براى او نـوشـتـه و آن كـتـاب شـريـف در جـمـله كتب سيد عليخان در بلاد مكه معظمه بوده چنانكه صاحب رياض فرموده ، و سيد صدرالدّين محمّد مذكور فرموده :
( ثُمَّ اِنَّ اَحْمَدَ السِّكين جَدّى صَحِبَ الاِ مامَ الرِّضا عليه السلام مِنْ لَدُنْ كَانَ بِالْمَدينَةِ اِلى اَنْ اُشـْخـِصَ تَلْقاءَ خُراسانَ عَشْرَ سِنينَ فَاَخَذَ مِنْهُ الْعِلْمَ وَ اِجازَتُهُ عِنْدى فَاَحْمَدُ يَرْوى عَنِ الاِمامِ الرِّضا عليه السلام عَنْ آبائِهِ عَلَيْهِمُ السَّلامُ عَنْ رَسولِ اللّهِ صلى اللّه عليه و آله و سلم وَ هذَا الاَسْنادُ اَيْضَا مِمّا اَتَفَرَّدُ بِهِ لايُشْرِكُنى فيهِ اَحَدٌ وَ قَدْ خَصَّنِىَ اللّهُ تَعالىَ بِذلِكَ وَ الْحَمْدُللّهِ. )