یکی از مسائلی که علی یعقوبی تقریباً پررنگ به آن پرداخته، مسئله بهشت ظهور است. بهشتی که وی مطرح می‌کند همان بهشتی نیست که همگان آن‌را می‌شناسیم و امیدواریم به لطف الهی پس از مرگ وارد آن شویم و از نعمات بی‌پایان خداوندی در آن بهره‌مند گردیم. چنان‌که منظور وی از بهشت ظهور این نیست که جامعۀ اسلامی بعد از ظهور امام عصر، فراوانی نعمات و بهره‌مندی همگان از آن‌ها مانند بهشتی است...

آقای علی یعقوبی تلاش می‌کند اثبات نماید بهشت ظهور ماهیت برزخی دارد و برای این امر از بحث دربارۀ جنسیت آسمان‌ها کمک می‌گیرد و سعی می‌کند با اثبات برزخی بودن آسمان‌ها برزخی‌بودن ظهور را نیز اثبات می‌کند. از همین رو ضرورت دارد دلایل این بخش نیز مورد نقد و بررسی قرار گیرد. یکی از دلایل ایشان این است: «افرادی که می‌میرند نابود نمی‌شوند بلکه به برزخ می‌روند و کسانی‌که از جانب خداوند...

آقای علی يعقوبی يك سلسله بحث‌هايی را به نام نظام عالم ارائه كرده است، وی هدف خود از طرح اين سلسله بحث‌ها را چنين بيان می‌كند: «می‌خواهيم اين را مطرح كنيم كه خداوند متعال نظام عالم را چگونه بنا كرده است، چه قوانينی، چه رفتارهايی و چه اجزايی در نظام عالم قرار داده است». آن‌چه بيشتر در اين سلسله بحث‌ها جلوه‌گر بوده مسئله «نظام كلماتی» است.

مسائل شرعی و اعتقادی نیاز به تدبر بسیاری در جمیع آیات و روایات در آن مسئله دارد. در اصطلاح شخصی که تلاش و کوشش می‌کند برای درک بهترین نظر از نصوص دینی، مجتهد گویند. اما علی یعقوبی که طبق اسناد، تحصیلاتش تا سطح دیپلم است در صحبت‌هایش نظریه‌هایی ارائه داده که صلاحیت نظر دادن در آن موضوعات را ندارد.