قرآنیون
از جمله اعتقادات حکمی زاده، انکار امامت و فضائل حضرت علی (ع) است؛ وی در این باره می‌نویسد: اگر امامت اصل چهارم از اصول مذهب است، چرا خدا چنین اصل مهمی را در قرآن بیان نکرده است؛ در پاسخ وی می‌گوییم: لازم نیست حتماً به صراحت نام امام در قرآن ذکر شود، بلکه ذکر اوصاف امام در قرآن که به اجماع علمای امت، اختصاص به آن حضرت دارد، دلالت بر این امر می‌کند.
یکی از جریان‌هایی که با هدف اتحاد امت اسلامی و با شعار بازگشت به قرآن و بازگشت به دوران طلایی چهل ساله صدر اسلام شکل گرفت، جریان «قرآنیان شیعه» است که معتقدند باید تفسیر آیات قرآن را اول از خود قرآن اخذ کرد و اگر تفسیر آن در قرآن نبود باید مراجعه به سنت کرد؛ اما با نگاهی به آثار تفسیری ارائه شده توسط بزرگان این جریان، می‌توان خلاف این مبنا را در آثارشان مشاهده کرد.
برقعی در کتاب تضاد مفاتیح الجنان ضمن انکار بسیاری از ادعیه وارده، در مورد دعای جوشن کبیر می‌نویسد: « «دعای جوشن كبير» را كفعمی در «مصباح» بدون ذكر سند آورده است» که در پاسخ به آن باید گفت، دقت سندی زیاد در دعا لازم نیست؛ بلکه طبق «روايات عرضه» آنچه از اهل بیت (ع) نقل شده باشد و موافق كتاب خدا باشد، می‌توان آن را به آنان منتسب ساخت.
حیدر علی قلمداران منکر خلافت و امامت بلافصل حضرت علی (ع) بعد از رسول خدا (ص) شده و شبهه می‌کند که ممکن نیست صحابه با این همه جانفشانی، به غصب خلافت چشم دوخته، برای تصاحب آن نقشه‌ها کشیده باشند؛ که در پاسخ گفته می‌شود همه صحابه در سقیفه حضور نداشتند و برخی نیز با منتخب سقیفه به شدت به مخالفت پرداختند.
قلمداران منکر ضروریات شیعه شده، از جمله خلافت و امامت بلافصل حضرت علی (ع) بعد از رسول خدا (ص) و تعیین جانشینی آن حضرت در واقعه غدیر خم است؛ در پاسخ باید گفت دلیل قلمداران در انتخاب هیچکدام از خلفا رعایت نشده است و بدون دلیل چنین برهانی برای رد جانشینی امیرالمؤمنین (ع) آورده است.
حیدرعلی قلمداران ادعا کرده است که خطبه غدير بر منصوصيت حضرت علی (ع) دلالت ندارد؛ زیرا خود اميرالمؤمنين (ع) و طرفداران او از بني هاشم و غيره، پس از نصب ابوبكر به خلافت، سخنی از آن به ميان نياوردند که در پاسخ به این ادعا باید گفت: امیرالمؤمنین (ع) و سایر اهل بیت (ع) و برخی از صحابه و تابعین، بعد از ماجرای سقیفه، بارها و بارها به حدیث خطبه غدیر احتجاج کرده‌اند.
برقعی که بسیاری از عقاید شیعه را منکر شده، از جمله مسائلی که برقعی انکار کرده و از مصادیق شرک قلمداد می‌کند، مسئله توسل است؛ در حالی‌که توسل به انبياء، ائمه و صالحان (ع) يكي از باورهايي است كه تمام مسلمانان در طول تاريخ بر آن اجماع و اتفاق داشته و عملاً نيز بر اين باور پايبند بوده‌اند؛ برقعی با تأثیرپذیری از آراء محمد بن عبدالوهاب، فرياد سر داده كه هر نوع توسل به اموات شرك است.
جناب قلمداران از قرآنیون شیعه معاصر که برای احادیث، اهمیتی قائل نیست و قرآن را برای فهم اسلام کافی می‌داند، در نقد اعتقاد شیعه به امامت، امام را بی میل به خلافت دانست؛ در حالی‌که حضرت بارها به غصب خلافت اشاره کرده است و در کتب فریقین اعتراض امام و عدم بیعت حضرت تا مدتی گزارش شده است.
ازجمله مسائلی که برقعی آن را انکار کرده، مسئله مهدویت است؛ این در حالی است که اعتقاد به ظهور مصلح آخرالزمان که نامش «مهدی» و از اولاد پیامبر (ص) است، مورد اتّفاق همه فرق و مذاهب اسلامی است.
برقعی از روی تعصب یا جهل، با عمومیت دادن به یک قاعده اصولی شیعه، ادعا می‌کند که قاعده «خذ ما خالف العامه» سبب اختلاف شیعه با اهل سنت است؛ در پاسخ می‌گوییم: اگر این قاعده، باعث اختلاف شیعه با اهل سنت است، پس چگونه ممکن است که شیعه و اهل سنت در بیش از ۸۰ درصد مسائل با هم مشترک هستند.
یکی از اشکالاتی که برقعی به شیعه نسبت داده، این است که می‌گوید شیعه هیچ دلیلی برای اثبات تقیه ندارد؛ در پاسخ می‌گوییم تقیه مبنایی است که دلایل قرآنی و روایی برای اثبات آن وجود دارد و عملکرد صحابه و تأیید آنان نیز گزارش شده است.
سید ابوافضل برقعی یکی از سران جریان قرآن بسندگی مطلبی را در مقدمه کتاب شاهراه اتحاد حیدرعلی قلمداران بیان کرده و مدعی است که هیچ دلیل واضحی در قرآن وجود ندارد که به صراحت، دلالت بر امامت داشته باشد که با ذکر آیاتی، باطل بودن این ادعای برقعی اشاره شده است.
سید ابوالفضل برقعی یکی از بزرگان جریان قرآنیون برای توجیه حمله خلیفه دوم به ایران و جهاد خواندن آن، سخن امیرمؤمنان علی (ع) را شاهدی بر مدعای خویش می‌داند؛ در پاسخ باید گفت که هر استنادی از متن خطبه به مطلبی خارج از آن، نیازمند قرینه است که به آن مستند شود که نه برقعی و نه دیگرانی که در شرح خود به آیه‌ای اشاره کرده‌اند، قرینه‌ای بر کلام خود اقامه نکرده و کلام خود را متقن نساخته‌اند.
برقعی که قرآن را بی نیاز از تفسیر می‌داند و در مسیر تفسیر آیات و نقادی روایات، گاه به صراحت و گاه تلویحاً بارها این مسئله را متذکر شده است؛در صورتی‌که این مبنای برقعی علاوه بر اینکه مخالف با مبنای بسیاری از مفسران است، هم‌چنین پیامدهایی ناگواری دارد.