اقطاب و مشایخ فرقه صوفیه گنابادی مسئله خلافت را ریاست ظاهری و امامت را به ریاست و ولایت باطنی تعبیر کردند. یکی از مروجان این فرقه، درباره مسئله خلافت قائل به این است که خلافت همان حکومت ظاهری بر مردم و امری غیر انتصابی، بلکه امری انتخابی است که اراده مردم در تعیین و انتخاب خلیفه مؤثر و دخیل است. درحالی که این نظریه دقیقا همان نظریه اهل سنت است.

بعد از منتشر کردن پستی درباره دفاع مولوی از ابن ملجم، یکی از برادران اهل‌سنت چندین سؤال مطرح کردند که چرا به ابوبکر و عمر و عثمان فحش و ناسزا می‌گویید؟ آیا تمام صحابه یکسان نبودند؟ چرا شیعه حضرت علی (علیه السلام) را به مقام خدایی می‌رساند؟ این درحالی که شیعه قائل به هیچ کدام از این مسائل نیست و این‌ها همگی اعتقاداتی است که به شیعه چسباندند و این اعتقادات در کتب اعتقادی شیعه جایی ندارد.

شیعه معتقد است که ولایت و امامت بعد از پیامبر (صلی الله علیه و آله) منحصر به دوازده نفر است که پیامبر (صلی الله علیه و آله) از طرف خدا به نام و نشان، تعیین کرده است.[3] با توجه به آنکه همه اقطاب صوفیه تا قرن هشتم سنی مذهب بودند و در قرن هشتم و نهم بود که در ایران تصوف به‌صورت یک گرایش عمومی درآمد[4]، نمی‌توان ولایتی که در میان اهل سنت مقبول است را با ولایت مصطلح میان شیعیان یکی دانست.

علما و فقهای شیعه با دیدن بدعت‌های بی‌شمار صوفیان در دین و عقاید منحرف ایشان، دست به مبارزه‌ بر علیه ایشان زده و در مقابل باورهای نادرست و بدعت‌آمیز تصوف، کتاب‌هایی را بر ردّ این فرقه نوشتند.