اشکال کرده‌اند که چون امامت از امام حسن(ع) به امام حسین(ع) رسیده و پس از امام سجاد(ع) به صورت موروثی ادامه پیدا کرده، این سلسله امامت ساختگی است؛ در پاسخ گفته می‌شود که این ایراد، ساختگی بودن را نمی‌رساند؛ بلکه امام بعدی از طرف خداوند مشخص می‌شود و او همان کسی که عصمت و علم لدنی به او عطا شده است. از این‌رو حتی در بین بنی‌هاشم عده‌ای که ادعای امامت کردند، چون علم خدادادی نداشتند مورد پذیرش شیعه واقع نشدند.

آتئیست ها با ایجاد شبهاتی پیرامون خطبه 56 نهج البلاغه، امیرمؤمنان (ع) را شخصیتی خشن و طرفدار کشتار معرفی می کنند. در پاسخ به شبهه آنان باید گفت، مقدم کردن اوامر و دستورات خداوند متعال بر هر چیزی در عالم، امری عقلی و صحیح است. امیرمؤمنان (ع) با اطاعت از فرمان خدا و به جهت دفاع از مسلمانان در مقابل کفار و مشرکین و منافقین به مقابله پرداختند و این کار حضرت (ع) ریشه قرآنی دارد.

آتئیست ها با بیان روایت تاریخی که سند معتبری ندارد ادعا کرده اند امیرالمؤمنین (ع) به دلیل آنکه حنظلة بن ربیعه با ایشان به مخالفت برخاست، خانه اش را به آنش کشیدند. این ادعا در حالی مطرح می‌شود که در منابع تاریخی، به نفاق حنظله و عثمانی گری او اشاره شده است. می‌توان گفت، با مشاهده سیره امیرالمؤمنین (ع) مشخص می‌گردد، حضرت هیچگاه خانه مخالفین خود را به آتش نکشیدند.

بعضی از دشمنان شیعه با ایجاد شبهه پیرامون شخصیت امیرالمؤمنین (ع) ادعا می کنند که حضرت خانه جریر بن عبدالله بجلی را به خاطر مخالفتش با ایشان به آتش کشید و این کار به نوعی زیر پا گذاشتن حقوق شهروندی توسط حضرت است. آنچه مسلم است، استناد آتئیستها به روایت تاریخی ضعیفی است که راویان آن نزد شیعه و اهل سنت هیچ جایگاهی ندارند و در نهایت این روایت تاریخی فاقد اعتبار است.

یکی از شبهاتی که آتئیست‌ها مطرح می‌کنند خرید و فروش زنان کرد و مشرک توسط مسلمانان است. آنان با استناد به روایت امام صادق (ع) می‌گویند شیعیان قائل به خرید و فروش آن زنان هستند و در حقیقت این روایت، همانند کار داعش با نوامیس کرد و ایزدی در عراق است.