محمد بن اسماعیل بخاری و شاگردش مسلم بن حجاج نیشابوری بر خلاف تعریف و تقدیس های اهل سنت  به شدت از جانب علما، فاسد العقیده و تکفیر شده است طوری که گاهی طرفداران متعصب او از تبعیدها و طردها و تکفیر او تحت عنوان محنت های بخاری یاد کرده اند. ابتدا از میان معروف ترین شیوخش محمد بن یحیی معروف به «ذهلی» از بزرگان علما و اعاظم حدیث او را تکفیر و علما را از مراوده با او منع کرد و او را به زادگاهش تبعید نمود طوری که جز مسلم شاگرد او کسی با او نماند .گرچه او هم مجبور به ترک دیار خود شد. فتاوای شاذ و دور از اصول فقهی او زمینه ساز اخراجش از بخارا شد چرا که معتقد به نشر قاعده رضاع در ارتزاق طفل از حیوانات بود همچنین مدعی بود برای پاک کردن منی از لباس یا بدن نیازی به شستن نیست و با زایل کردن عین آن با حک نمودن پاک می شود ،یا در مورد جماع در ماه رمضان ، معتقد است  مبطل روزه نیست، لذا با صدور فتاوای دور از شرع و عقل از بخارا رانده شد اهالی بغداد و علما آن شهر هم او را تکفیر نمودند. او و شاگردش که صاحب صحیحین هستند به زعم طرفدارانش با محنتها و مشقتهای فراوان تعداد 7200 حدیث را به اتفاق مسلم تصحیح نمودند که غالب آن در هر دو تکرارشده است و با حذف مکررات و معلقات و مرفوعات مشتمل بر 2602حدیث است.
تدریب الراوی ج1 ص 104 – هدی الساری ص478
بخاری می گوید همه احادیثی که در الجامع الصحیح آورده ام صحیح می باشد ولی برای اینکه کتاب طولانی نشود از نقل حدیث های فراوان دیگر صرف نظر کردم «ما ادخلت فی کتابی الجامع الا ما صح و ترکت من الصاح حتی لا یطول»
در عین حال در آن ندای تجسیم در توحید و ترسیم خدایی که می خندد و تعجب می کند و پیامبری که ایستاده ادرار می کند... در آن یافت می شود.
مقدمه فتح الباری ج1ص 5
خطیب بغدادی می گوید: ذهلی و اکثر قریب به اتفاق متکلمان بخاری را به خاطر اعتقاددات خاص خود مرتد و کافر می دانستند و می گفتند:
همسر چنین شخصی باید از او جدا شود و او را توبه دهند اگر توبه نکند باید گردنش زده  شود و ثروتش میان مسلمانان تقسیم گردد و نباید جنازه اش در قبرستان مسلمانان دفن شود همچنین می گوید:
آن روز بخاری در نظر استاد خود ذهلی و اکثر اهل علم نیشابور آن چنان مطرود و منحرف و فاسد العقیده شناخته شد و آن چنان نفرت و بدبینی اهالی نیشابور را در مورد خود برانگیخت که نتوانست در در آن شهر زندگی کند لذا تبعیدش نمودند و شاگردانش از اطرافش پراکنده شده فرار نمودند تا شعله منفور بودن بخاری بر دامن شخصیت آنان سرایت نکند و آنان نیز به بدبینی و نفرت عامه مردم مبتلا نگردند.از این حادثه چنین بر می آید که مسلم صاحب صحیح و شاگرد او هم تا چه حد از نظر دانشمندانی چون ذهلی منفور بوده است.
همچنین خطیب بغدادی از علمای اهل سنت می گوید: 
محمد بن یحیی گفت:
از بغداد برای ما نوشته اند بخاری دارای عقاید فاسدی است و ما او را از عقیده اش نهی کردیم ولی موثر واقع نشد از این پس اگر کسی در مجلس او شرکت کند حق شرکت در مجلس ما را ندارد.
تاریخ بغداد ج2 فصل خامس فی ذکر نسب البخاری ص31-32 و ج3 ص415 – ارشاد الساری ج1 ص38 – مقدمه فتح الباری و استقصاء الافهام ج1 ص 978
ذهلی نه تنها بخاری بلکه مسلم بن حجاج را منحرف و فاسدالعقیده می دانسته و همنشینی با او را جایز نمی دانست.
دائره المعارف فرید وجدی ج5 ماده مسلم ص 292 – تذکرة الحفاظ ج2 ترجمه محمد بن مسلم بن الحجاج ص 589
ابن خلکان می گوید:
مسلم در اثر انحراف عقیده چون استادش بخاری در حجاز و عراق نیز منفور و مردود بود.
وفیات العیان ج2 شماره 717 حرف المیم مسلم صاحب الصحیح ص281
ابوذرعه متوفای 264 معاصر بخاری یکی از بزرگان علم حدیث و از اساتید فن رجال است فضل نووی در تعریف او می گوید:
حفظ حدیث و مهارت در این فن فقط منحصر به چهار نفر بود که یکی از آنها ابوذرعه است«انتهی الحفظ الی اربعة من اهل خراسان ابوذرعه...
تهذیب الاسماءو اللغات ج1 ص68
ابوذرعه با آن موقعیت علمی والا و قابل تقدیر از مسلم و بخاری انتقاد نموده و آنان را افرادی «متظاهر» و «بازار گرم کن» شناخته و قسمتی از احادیث صحیحی مسلم را غیر صحیح معرفی می کند. 
خطیب بغدادی از سعید بن عمر برزعی نقل می کند که او می گفت: 
من نزد ابوذرعه رازی بودم که صحبت از صحیح مسلم و کتابهای مشابه آن مثل صحیح بخاری به میان آمد ابوذرعه گفت: 
«اینان افرادی بودند  که خواستند پیش از وقت به ریاست برسند چیزی درست کردند و کتابی تالیف نمودند که قبل از احراز لیاقت به وسیله آن کتاب خود را جلوه گر سازند و مقامی را احراز کنند».
تاریخ بغداد ج4 ص 273 و 274
داستان ابوذرعه را ذهبی نیز نقل نموده است و آورده « آنها کاری کردند که بوسیله جلوه گری نمایند و بازار خود را رونق و گرمی بخشند».
میزان الاعتدال ج1 حرف الالف شماره 507 – احمد بن موسی المصری التستری احمد ص126 
حافظ  ابوالحسن دارقطنی:
بزرگترین محدث قرن چهارم و استاد زبر دست در شناخت علل و ضعف متون و راویان احادیث است. او 109 حدیث صحیح بخاری را که بخشی از آن در صحیح مسلم نیز نقل شده ضعیف و مردود دانسته است.این ایراد و انتقاد از صحیحین آن هم در 109 حدیث از شخصیتی چون «دارقطنی» می تواند بزرگترین و اساسی ترین ایراد و اشکال بر این دو کتاب و دلیل ضعف بخش مهمی از مرویات آنها باشد زیرا شخصیت و مقام علمی دارقطنی و جایگاه برتر او در شناخت حدیث او را در سطحی قرار داده که نمی توان نظریات او را نادیده گرفت.
دارقطنی کیست؟
ذهبی می گوید:
 دارالقطنی دریای علم و از دانشمندان معروف جهان اسلام در حفظ حدیث و شناخت علل و ضعف متن و ناقلان احادیث بود.
سیر اعلام النبلاء ج16ص450
فاضل نووی در مقدمه شرح خود که بر صحیح مسلم نوشته است می گوید:
مسلم چنین ادعا می کند که من در این کتاب احادیثی را جمع کرده ام که صحت آن مورد اتفاق است.
 نووی پس از نقل این جمله می گوید: 
اثبات این مدعا مشکل است زیرا حدیث های زیادی در این کتاب وجود دارد که صحت آن جای تردید است زیرا از اشخاصی نقل شده است که راست گویی و صحت حدیث آنها مورد اختلاف است.
مقدمه شرح صحیح مسلم ص 16
در ذیل حدیث اباسلمه «باب بدء الوحی»که مضمونش این است: اولین سوره ای که به رسول خدا(ص)نازل گردید سوره «مدثر» بوده است می گوید: 
این حدیث ضعیف بلکه باطل است زیرا اولین سوره ای که به رسول خدا(ص) نازل گردید سوره علق بوده است.
شرح صحیح مسلم ج2 باب بدءالوحی ص 207
ابن حجر در مقدمه فتح الباری بیش از 300 نفر از رجال بخاری را اسم برده که گذشتگان از محدثان و دانشمندان علم رجال آنها را ضعیف و غیر قابل اعتماد دانسته اند و در ذیل این آمار جالب به علت ضعف هر یک از این افراد هم اشاره نموده است.
مقدمه فتح الباری ج2 الفصل تاسع فی سیاق اسماء من طعن فیه من رجال لهذا الکتاب ص 111- 181
قاضی ابوبکر باقلانی:
 داستان نماز خواندن پیامبر(ص)بر عبدالله بن ابی و اعتراض عمر را که صحیحین آن را نقل کرده اند انکار نموده است.
و امام حرمین گفته است: 
حدیث شناسان این حدیث را غیر صحیح و مردود می دانند.
امام غزالی در مستصفی گفته است:
ظاهر این حدیث صحیح نیست.
داودی گفته است:این حدیث غیر محفوظ است.
ابن همام در شرح هدایه گفته است: 
کسی که بگوید: «اصح احادیث ان است که در صحیحین واقع شده و مرحله پایین تر آن است که بخاری به تنهایی نقل نموده و مرحله پایین تر از آن حدیثی است که مسلم به تنهایی نقل نموده است» این مطلبی نادرست است و ادعایی باطل که نمی توان از آن پیروی کرد.
اضواء علی السنة المحمدیة ص 312
سید محمد رشید رضا شاگرد شیخ محمد عبده:
در تفسیر المنار به نقل گفتار ابن حجر می پردازد که گفته است: 
حفاظ از 110 حدیث در صحیحین انتقاد کرده اند که 32 حدیث از آن را مسلم نیز نقل نموده است و 78 حدیث دیگر را منحصرا بخاری نقل کرده است همچنین حفاظ بیش از 80 نفر از رجال بخاری را ضعیف و غیر قابل اعتماد دانسته اند از رجال مسلم هم 160 نفر را ضعیف دانسته اند.ابن حجر اضافه می کند: 
تعداد احادیثی که خود من از آنها انتقاد کرده و غیر قابل اعتماد دانسته ام و در صحیحین نقل شده است بالغ بر 210 حدیث است که از این تعداد بیش از 70 حدیث را بخاری نقل کرده و بقیه در صحیح مسلم آمده است.
هدی الساری ج2 الفصل الثامن فی سیاق الحادیث اللتی افتقدها علیه حافظ عصره  ص 81
دکتر احمد امین:
در حدود 80 تن از رجال بخاری را تضعیف کرده و گفته به طور مسلم عده ای از این افراد دروغگو و غیر قابل اعتمادند و بعضی حالشان مجهول و وضعشان غیر معلوم است.یکی از این افراد «عکرمه مولی ابن عباس» است که حدیث و تفسیرش دنیا را پر کرده است. بعضی از علمای رجال او را دروغگو و از پیروان خوارج دانسته اند و او را از افرادی می دانند که از امرا جایزه می گرفت و از وی نیز دروغ های فراوان نقل کرده اند دکتر احمد امین سپس چند دروغ تاریخی برای اثبات دروغگویی وی  نقل می کند بعد می گوید:
در نزد بخاری راست گویی او رجحان پیدا نموده و در صحیح خود از وی حدیث فراوان نقل کرده است.و نیز در نزد مسلم دروغ گویی اش رجحان پیدا کرده و در صحیح خود فقط یک روایت در باب حج آن هم برای تایید و تقویت حدیث دیگر نقل کرده است.
ضحی الاسلام ج2 ص 117 و 118