سید قطب در زندان کتاب‌هایی مثل «فی ظلال القرآن» و «معالم فی الطریق» را نگاشت. نوشته‌های سید قطب، توسط دو خواهرش و زینب غزالی به اعضای اخوان رسانده می‌شد. به این ترتیب در سال 1964 سازمان جدیدی به طور سری بازسازی شد، و کتاب معالم فی الطریق به مرام نامه اعضای اخوان تبدیل شد. این کتاب خلاء ایدئولوژیک اعضای اخوان را پر کرد.

کتاب معالم فی الطریق آخرین کتابی است که سید قطب در زندان نگاشته است و در این کتاب جامعه را به جاهلی و اسلامی تقسیم کرده است. وی جوامع کنونی را جامعه جاهلی دانسته و معتقد است، باید برای ایجاد جامعه اسلامی بپاخواست و از جامعه جاهلی فاصله گرفت. این کتاب تأثیری عمیق بر جوانان گذاشت و تحت تأثیر این کتاب، گروه‌های تکفیری شکل گرفت.

در اندیشه ابن تیمیه، تابعین علم بالایی دارند و این علم را به دلیل نزدیکی به عصر وحی دارند. این در حالی است که خود تابعین این موضوع را قبول ندارند و شواهدی از خود تابعین وجود دارد که نقض‌کننده این ادعا است. این موضوع درباره فهم قرآن نیز مورد ادعای ابن تیمیه است. درحالی‌که می‌توان این ادعای سلفیان را مورد نقد قرار داد.

ابن تیمیه انسانی است که برخلاف نظر رایج سخن می‌گوید و لذا هیچ تقدسی برایش مهم نیست. حتی صحابه که در مرام سلفیان مهم‌ترین رکن بعد از قرآن و سنت است را درجایی که نیاز باشد مورد نقد و خدشه قرار می‌دهد و تا جایی پیش می‌رود که فضائل صحابه را نیز انکار می‌کند. او دارای مجموعه فکری است که هر چیزی با آن مخالف باشد مردود است.

ابن تیمیه می‌گوید: توسل دارای سه کاربرد معنایی است، که دو معنای آن را سلف انجام داده و نه تنها جایز، بلکه قسم اول واجب و قسم دوم مستحب است، ولی قسم سوم حرام است. وی در کتاب «قاعده جلیله»، توسل را دستور قرآنی می‌داند و معتقد است، احادیث صحیح نیز ما را دعوت می‌کند به این‌که برای طلب حوائج از خداوند، از وسیله‌ای استمداد جوییم.

فردی از مالک بن انس از معنای آیه استواء خداوند بر عرش پرسید. او گفت: خداوند بر عرش است و ایمان به آن واجب است و سوال، بدعت است و تو که چنین سؤالی پرسیدی اهل بدعت هستی!» سپس رو به اطرافیانش کرد و گفت: وی را از مجلس بیرون کنید زیرا او اهل بدعت است. این در حالی است که وقتی چنین سوالاتی از اهل بیت می‌شد، مستدل و زیبا پاسخ می‌گفتند.