برخلاف ادعای مطرح شده، داستان مسیح در انجیل از داستان ایشان در قرآن معقول‌تر نیست و ابهامات زیادی را ایجااد می‌کند، برخی از کتب اپوکریفایی نیز نقل‌هایی دارند که شبیه قرآن است و حتی برخی معجزاتی که قرآن برای مسیح نقل می‌کند را ذکر کرده‌اند.

محققین در اینکه بخش‌های عهد قدیم آنچنان که اعتقاد رایج است، اشکالاتی وارد می‌کنند، برخی معتقدند تورات کنون هیچ ارتباطی با تورات موسی ندارد، چرا که طبق اعتراف خود عهد قدیم، این کتاب در زمانی سوخته و یا مفقود شده، عده‌ای دیگر براین نظرند که بخشی را موسی و بخشی را نویسندگان دیگر نگاشته اند و اعتقاد دیگر نظریه‌ی چهار منعی بودن تورات است، اسپینوزا و هاببز، اولین کسانی بودند که اعتبار تورات را زیر سوال بردند، و امروزه به نظر اکثر محققین، نویسدگان عهدقدیم افراد دیگری هستند، در مورد عهد جدید هم باید توجه داشت که در آغاز تاریخ مسیحی، اناجیل و رساله‌های فراوانی نگاشته شد و در سال 397 و شورای کارتاژ تصمیم به اعتبار بخشیدن به کتب موجود گرفته شد، بجز رسالات پولس، در اینکه نویسندگان کتب عهدجدید چه کسانی هستند، اختلاف شدیدی وجود دارد.