سيد مرتضی درباره همکاری امیرالمؤمنین و خلفا می‌فرمايد: ادعای كمك و همكاری امیرالمؤمنین با خليفه اول، اگر منظور، راهنمایی ابوبكر بر جنگ با اهل ردّه باشد، صرف ادعا است و صحیح نیست، و اگر مقصود ارشاد در احكام الهی باشد، اين امر بر عالم به مسائل دين واجب است و بايد طبق وظيفه، انجام می‌داد، و از اين مطلب نمی‌توان همكاری با آنان را استفاده كرد، و اگر مقصود، مشاوره با امیرالمؤمنین در دفاع از مردم مدينه و جان و ناموس مردم است، اين نيز واجب است؛ چون علاوه بر دفاع از مردم، از جان خود نيز دفاع كرده است و اين مسائل تأييد خلافت و امامت خلفا را نمی‌رساند.
الشافی فی الامامة، سید مرتضی، ج3، ص251.
مقاله: «همکاری امیرالمؤمنین با خلفا، نشان از غاصب و ظالم نبودن آنان است؟!»