اتفاقا آقای مصطفی حسینی طباطبایی شیعه است و همواره با ارادت و پسوند علیه السلام از امامان شیعه یاد میکند و در مواردی خلفای سابق رو نقد کرده . همچنین در ویدیویی ایشان به صراحت میگوید من سنی نشدم . ایشان تنها اندکی در باره برخی موارد فقهی با سایر علمای شیعه اتفاق نظر ندارد که چیز عجیبی نیست و ما نمیتوانیم این فرد را خارج تشییع بدانیم . همچنین ایشان چندین مقاله درباره امام علی ع نیز نوشتند و همواره ایشان را با لقب امیرالمومنین یاد کردند . آقای طباطبایی در علم تاریخ و فلسفه و فقه بسیار ماهر هستند به طوری که هیچکدام از شما که خودتان را عالم میدانید جرئت پاسخ گویی به شبهات امثال زئوس و مشیری و عبدالکریم سروش را نکردید و ایشان یک تنه این ها را به خوبی نقد میکند .