نحوه برخورد امیرالمؤمنین علیه‌السلام با ایرانیان، در مقابل نحوه برخورد خلفای اهل‌سنت با ایرانیان، یکی از دلایل مهم در ترغیب مردم ایران به سمت مذهب اهل‌بیت علیهم‌السلام است.

سوره مبارکه انسان از سوره های مدنی قرآن کریم است که شأن نزول آن اختصاص به اهل بیت رسالت (ع) دارد؛ مفسرین شیعه و اهل سنت با اشاره به این اتفاق عظیم، یکی از فضائل امیرالمومنین(ع) و همسر و فرزندان گرانقدر ایشان را نزول این آیات در مدح و انفاق بی‌نظیر ایشان بیان کرده‌اند. اطعام و اکرام سائل و یتبم و اسیر و مقدم کردن آنان بر نفس خویش، از جلوه‌های رأفت و محبت خاندان رسالت است.

یکی از شبهاتی که از سوی مفتیان وهابی مطرح شده، تعاملات و مساعدتهای امیرالمؤمنین (ع) به خلفای سه گانه اهل سنت است. وهابیون با استناد به روایتی از منابع شیعه ادعا می کنند، بارها امیرالمؤمنین (ع) به خلفای سه گانه یاری می‌رسانند و این دلیل بر قانونی و شرعی بودن خلافت آنان است؛ در پاسخ گفته می‌شود، یکی از وظایف امام راهنمایی و کمک رسانی به مسلمانانی است که حاکم غاصب بر آنان حکومت دارد.

آتئیست ها با ایجاد شبهاتی پیرامون خطبه 56 نهج البلاغه، امیرمؤمنان (ع) را شخصیتی خشن و طرفدار کشتار معرفی می کنند؛ در پاسخ به شبهه آنان باید گفت، حضرت چه در صدر اسلام و چه در دوران حکومتشان، ابتدا به هدایتگری مردم می‌پرداختند؛ اما هنگامی که کفار و مشرکین و منافقین دست به اسلحه می‌شدند و هدایت آنان امری بعید می‌شد، به دفاع از مسلمانان اهتمام می‌کردند.

خدا ناباوران با ایجاد شبهه پیرامون نحوه حکومت امیرالمؤمنین (ع) ادعا می کنند که حضرت خانه جریر بن عبدالله بجلی را به خاطر مخالفتش با ایشان به آتش کشاندند. آنچه مسلّم است این است که روایت مورد استناد آتئیستها، روایتی فاقد اعتبار است و در صورت فرض، اگر حضرت این کار را کرده باشند، باید در موارد دیگر همانند فتنه جمل خانه آنان را نیز به آتش می‌کشیدند.

شهادت امیرالمؤمنین (علیه السلام) به دست شقی ترین مردم آخرالزمان یعنی ابن ملجم مرادی، از بزرگترین حوادث تلخی شمرده می شود که بر امت اسلامی تحمیل شده است. عده ای با خیال واهی ادعا کرده اند که حضرت در سخنان خود و در وصیتی که به اطرافیان خود فرموده‌ اند امر به بخشودگی و گذشت از قصاص را داده اند. این در حالی است که بر اساس مستندات تاریخی و روایی، انتساب این ادعا به امیرالمؤمنین (علیه السلام) صحیح نیست.