یکی از انحرافات فرقه‌ی صوفیه، تفسیر به رأی و برداشت آزاد آنان از آیات قران است. یکی از عوامل موثر در تفسیر به رأی قرآن کریم خواهش‌های نفسانی است. صوفیان از تقدس و ارزش والای قرآن نزد مسلمانان، در راستای زیبا و به حق جلوه دادن خواهش‌های نفسانی خود، سوء استفاده کرده و برای عرضه و پیش‌برد هواهای پست خود، دست به تفسیر قرآن با رأی و نظر شخصی می‌زنند.

از عقاید انحرافی فرقه‌ی صوفیه، دفاع از ابلیس است که یکی از این صوفیان، حسین بن منصور حلاج بود که ابلیس را فردی جوانمرد دانسته که به غیر خداوند، سجده نکرده است. در حالی که بنا بر فرموده قرآن، وی از مستکبرین و دشمنان آشکار خداوند، شمرده شد که از انجام دستور الهی سر باز زد.

از عقاید سلسله صوفیه گنابادیه، مهدویت نوعیه است. براساس این نظریه علاوه بر مهدویت خاصه حضرت ولی‌عصر (عجل الله فرجه) فرزند امام عسکری (علیه السلام)، مهدویت نوعیه‌ای وجود دارد که به اقطاب سلسله اختصاص می‌یابد و از آن به مهدی ظلی یا تبعی یاد می‌شود.

از ادعاهای صوفیان نسبت به سران و مشایخ خود، ارتباط آنان با ائمه‌ی معصومین (علیهم‌السلام) است که قضایا و حکایاتی ساختگی از این افراد در کتب مختلف ذکر شده تا اینچنین نزدیکی تصوف با تشیع را نشان دهند. در حالی که این ارتباط با اهل‌بیت (ع) طبق شواهد تاریخی دروغ و ساختگی است.

نورعلی تابنده قطب فرقه سلطان علیشاهی که مدعی نیابت از امام زمان (عج) در دستگیری و بیعت، از طرف ایشان است، قرآن را با غلط‌های زیاد و عدم تسلط می‌خواند. با این وجود مریدان این فرقه ایشان را انسان کامل می‌دانند و معتقدند که این نواقص امری طبیعی محسوب می‌شود که هیچ تاثیری بر روی عنوان ایشان به عنوان انسان کامل ندارد!!!

از مسائلی که در بین صوفیان وجود داشته و این فرقه را بی‌اعتبار می‌کند، مسئله‌ التقاطی بودن آن است که بسیاری از محققین، منشأ و سرچشمه‌ی تصوف را برگرفته از مکاتب، ادیان و مذاهب دیگری غیر از اسلام هم دانسته‌اند، که بعضی از صوفیان هم به این مسئله اعتراف کرده‌اند و این در در حالی است که صوفیان خود را از مسلمانان راستین دانسته‌ و تصوف را برگرفته از اسلام می‌دانند.