پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران و آشکار شدن چهره حقیقی برخی از رهبران «انجمن حجتیه»بسیاری از اعضا از تشکیلات انجمن جداشدند تا جایی که برخی از این افراد به نیروهای انقلابی پیوستند؛ اما تعدادی از اعضای انجمن در حوزه‌های علمیه یا بیرون از آن به منتقدان حکومت بدل شدند. به همین دلیل بود که حضرت امام رحمت‌الله علیه در مناسبت‌های مختلف، به‌ویژه در پیامی خطاب به‌روحانیت در سال‌های آخر عمر شریف خود «خطر متحجران و انجمن حجّتیه‌ای‌ها» را بزرگ‌تر از هر خطر دیگر توصیف کرد.