علی یعقوبی در بسیاری از سخنرانی‌های خود با حمله به علمای شیعه، آنان را به کوتاهی در فهم معارف دین متهم می‌کند.
وی علمای شیعه را در خواب غفلت می‌داند و قائل به این است که احکام اسلام را باید از امام حیّ گرفت و نمی‌شود به دستورات امامان قبل استناد کرد و این کوتاهی به خاطر ضعف علمای دین است که به امام زمان(عجل‌الله‌فرجه) رجوع نمی‌کنند.[نظام عالم، ص17]