پایگاه جامع فرق، ادیان و مذاهب_ افشای اسناد و شواهدی از تجاوز کشیشان به کودکان موجب رسوایی بزرگی برای کلیسا شد. کشیشی اعتراف می‌کند که به 35 پسربچه تجاوز جنسی کرده است. در سال 1985 اولین سند تجاوز جنسی کلیسا به کودکان در لوئیزیانای آمریکا تیتر رسانه‌ها شد. در سال 1993 تنها هفت زن از یکی از کشیشان شکایت کردند اما کم کم رقم شاکیان به صدها نفر هم رسید. اسقفان در اطلاع رسانی این جنایات به واتیکان کوتاهی کردند و کلیسای کاتولیک تا مدت‌ها در برابر جنایات پدران مقدس سکوت اختیار کرد. کلیسای کاتولیک در چند سال گذشته با افشای تجاوزهای جنسی به کودکان در مدارس و محل نگهداری کودکان تحت پوشش و مدیریت کلیسا در اروپا و آمریکا مواجه است. در این افشاگری‌ها اعلام شده است که صدها کشیش، هزاران کودک را مورد آزار و اذیت جنسی قرار داده‌اند. چندی پیش یک کمیسیون تحقیق در هلند از ابعاد گسترده بهره کشی جنسی از کودکان در کلیسای کاتولیک پرده برداشت. بر اساس این گزارش، بین سال‌های 1945 تا 1981 حدود 10 تا 20 هزار کودک در نهادهای کلیسای کاتولیک مورد آزار قرارگرفته‌اند و شمار این کودکان زیر سن قانونی تا سال 2010 به چند ده هزار نفر رسیده است. این گزارش نتیجه مصاحبه با بیش از 34000 نفر است. تخمین زده شده که از هر پنج کودک و نوجوانی که در مؤسسات وابسته به کلیسای کاتولیک حضور داشته‌اند، یک نفر مورد تجاوز قرار گرفته است. کشیشان که به عنوان پدران معنوی پیروان مسیحیت شناخته می‌شود، به منبع ناامنی و تهدید برای کودکان تبدیل شده‌اند. تردیدی نیست که این به معنی نبود کشیشان پاک طینت در کلیسا نیست ولی ضربه ای که کشیشان فاسد به اعتبار و مشروعیت کلیسا وارد کرده‌اند به راحتی قابل پاک شدن نیست. اگر در دوره قرون وسطی جمود فکری و استبداد کلیسا موجب دین‌گریزی و ظهور مکتب‌های اومانیسم و لائیسم شد. اکنون افشای فساد اخلاقی کشیشان موجب رویگرانی بسیاری از پیروان کلیسای کاتولیک از این کلیسا شده است. تنها در آلمان حدود 180 هزار نفر، در پی افشاگری‌هایی در مورد رسوایی‌های اخلاقی کشیش‌ها، کلیسای کاتولیک را ترک کرده‌اند. چندی پیش افزایش رویگرادنی از کلیسای کاتولیک مقامات واتیکان و در رأس آن‌ها پاپ بندیکت شانزدهم را بران داشت تا با گرد هم آوردن مقامات کلیسای واتیکان از سرتاسر جهان به چاره اندیشی برای اعاده حیثیت از دست رفته کلیسای واتیکان بپردازند. واتیکان عنوان اجلاس چهار روزه مقامات کلیسای کاتولیک را «به طرف شفا و تجدید» نام نهاد.