آتئیست ها با ایجاد شبهاتی پیرامون خطبه 56 نهج البلاغه، امیرمؤمنان (ع) را شخصیتی خشن و طرفدار کشتار معرفی می کنند. در پاسخ به شبهه آنان باید گفت، مقدم کردن اوامر و دستورات خداوند متعال بر هر چیزی در عالم، امری عقلی و صحیح است. امیرمؤمنان (ع) با اطاعت از فرمان خدا و به جهت دفاع از مسلمانان در مقابل کفار و مشرکین و منافقین به مقابله پرداختند و این کار حضرت (ع) ریشه قرآنی دارد.