انحرافاتی همچون قائل شدن به جدایی بین شریعت و طریقت است که باعث شده است یوسف مردانی شیخ المشایخ فرقه صوفیه سلطان علیشاهی به جایگاه علمی علامه بحرالعلوم حمله کند و تقوا و عرفان ایشان را از بزرگان خود بداند و به این مطلب قائل شود که حتی مجتهدین نمی‌توانند خود تذکیه و تصفیه نفس کنند و باید نزد صوفیه به تذکیه و تصفیه نفس و روح خویش بپردازند.