آیه سیف یا همان آیه پنج سوره توبه درباره دستور اسلام نسبت به کفار است. این آیه را برخی مانند گروه‌های تکفیری نسخ کننده تمام آیاتی می دانند که به برخوردهایی مانند عفو و صفح با مشرکان دستور داده است. این در حالی است که شخصیتی مانند رشید رضا به عنوان یکی از سر‌سلسله‌های تفکر سلفی، ناسخ بودن این آیه را قبول ندارند.

تفسیرهای غلط از مفهوم‌های دینی باعث شده است نیروها و پتانسل گروه‌های اسلامی بدون فایده برای جامعه اسلامی و برخلاف مصالح اسلامی به هدر رود. یکی از تفاسیر غلط و ناصواب در فهم دینی عدم فهم درست و منطقی معنای جهاد و سبیل الله و سبیل الطاغوت است. کلمه‌ای که اشتباه آن باعث شده است، رفتارهای ناصوابی از گروه‌های تکفیری دیده شود.

جنگ‌های سه گانه در زمان خلافت ظاهری حضرت علی روشی بود برای ناکارآمد جلوه دادن حکومت آن حضرت، ولی غافل از آنکه آنچه که ضربه خواهد خورد، دین اسلام است. این جنگ‌ها به اعتراف بزرگان صحابه جنگ‌های باطل بود که در آن خونهای بسیاری از مسلمین ریخته شد. بدتر از این جنگها توجیهاتی است که برخی برای دفاع از عاملین این شورش‌ها انجام می‌دهند.

قتال و جهاد امری مقدس در ذات نیست. بلکه با توجه به رویکردی که مجاهد دارد باعث ترقی و تعالی معنوی می شود. رویکرد یک شخص می تواند امری مقدس و یا امری غیر مقدس باشد. اگر در راه خدا باشد باعث نجات و نور است، و اگر در راه غیر خدا باشد که همان راه طاغوت باشد، باعث گمراهی و ضلالت بیشتر می شود.

برداشت های نادرست سلفیان جهادی از اصطلاحات و کلمات دینی و شرعی و تغییر مفهومی آنها یکی از خطاهای راهبردی اندیشه سلفیان جهادی است. کلمه جهاد از این دست مفاهیم است. کلماتی مانند جهاد دارای تعاریف خاص عرفی، فقهی، شرعی، لغوی است که خلط هر کدام از این تعاریف باعث خلط نتایج و احکام خطرناکی می شود.

بسیاری از الفاظ هست که با تغییر معنایی و مفهومی از کارایی خود خارج و کارکرد دیگری پیدا می‌کند. گاهی این تغییر به قدری زیاد است که لفظ معنای کاملا نقیض از خود ارائه می‌دهد. یکی از این کلمات «جهاد» در ادبیات سلفیان جهادی است. سلفیان جهادی آنقدر این مفهوم را تغییر داده‌اند که از مفهوم قرآنی خود کاملا دور شده است.