پایگاه جامع فرق، ادیان و مذاهب_ محمد اسماعیل صلاحی قطب خود خوانده دراویش گنابادی که این روزها به هر بهانه‌ای به دنبال حمله و توهین به نظام جمهوری اسلامی است، در واکنش به دیدار پاپ با آیت‌الله سیستانی در شبکه‌های اجتماعی به تحلیل و بررسی نحوه برخورد جمهوری اسلامی ایران با مرجعیت شیعه پرداخت.
صلاحی در سخنان خود شروع نظام جمهوری اسلامی را هم‌زمان با شروع تخریب بنیان مرجعیت می‌داند و معتقد است که با شروع این انقلاب، نیروهای انقلابی سعی در به ابتذال کشیدن جایگاه مرجعیت را داشتند تا بتوانند هرکسی را به مرجعیت برسانند.  
صلاحی دراین‌باره می‌گوید: «مرجعیت شیعه بنیان و پایگاهی برای عموم شیعیان بوده است و تا این اواخر هم کسی نتوانست در این پایگاه و این ستون خللی ایجاد کند ... قبل از انقلاب 57 وقتی امام خمینی (ره) برعلیه شاه قیام کرد، سعی کردند نیروهای انقلابی و طلبه‌هایی که روحیه انقلابی داشتند، تمام رقبای آقای خمینی (ره) رو از بین ببرند یا تضعیف کنند. دو تا رقیب حوزوی داشت و یک رقیب حوزوی سیاسی هم داشت، که مرحوم امام موسی صدر بود که با جریاناتی که پیش آوردند، مفقودالاثر شد... پیگیری جدی حتی از سوی امام (ره) برای امام موسی صدر نشد. چون واقعاً یک شخصیتی اندیشمند و مصلح بود و رقیب جدی آقای خمینی (ره) تلقی می‌شد.» کاملاً مشخص است که صلاحی مفقود شدن امام موسی صدر را برنامه‌ای از سوی نظام و نیروهای انقلاب می‌داند و گویا اینکه حضرت امام (ره) از مفقود شدن امام موسی صدر ذی‌نفع بودند.

صلاحی در ادامه گستاخی‌هایش، کنار گذاشته شدن آیت‌الله شریعتمداری از مرجعیت نیز کار امام و نیروهای انقلابی می‌داند، زیرا معتقد است که آیت‌الله شریعتمداری یک رقیب جدی درراه حضرت امام (ره) بوده است. اما درواقع علت اصلی کنار گذاشتن آیت‌الله شریعتمداری از مرجعیت توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به خاطر روابط پشت پرده شریعتمداری با دربار و ساواک در رژیم پهلوی و همکاری با عوامل کودتای نوژه که خود خیانتی بزرگ محسوب می‌شود بود.  
صلاحی در ادامه  مرحوم آیت‌الله خویی را هم یک رقیب جدی برای حضرت امام (ره) برشمردند و معتقد بودند که جمهوری اسلامی، اگرچه توانست بعد از انقلاب، نام ایشان را در ایران به انحراف بکشاند ولی حکومت ایران نتوانست در حوزه نجف رخنه کند و ضربه جدی بزند.
صلاحی در حالی ادعای تخریب آیت‌الله خویی در ایران توسط این نظام را مطرح می‌کند که آیت‌الله خویی نه‌تنها در عراق حتی در ایران نیز با وجود حضرت امام (ره) مقلدینی داشتند و اگر حضرت امام (ره) کوچک‌ترین نقدی بر مرجعیت آیت‌الله خویی وارد می‌کردند، تمام مقلدین آیت‌الله خویی در ایران از ایشان روی‌گردان می‌شدند، درحالی‌که هیچ‌گاه چنین اتفاقی رخ نداد و این ادعا کذب محض است. یکی دیگر از نشانه‌های دروغ بودن این ادعا این است که حضرت امام (ره) و آیت‌الله خویی روابط حسنه بسیار خوبی با یکدیگر داشتند که در تاریخ ثبت و ضبط است. حضرت امام (ره) و آیت‌الله خویی دو مرجع هم‌عصر و از اساتید بزرگ حوزه علمیه نجف بودند. آیت‌الله خویی پیش از آنکه حضرت امام (ره) به نجف برود، اگرچه مجتهد بود، اما به دلیل احترامی که برای آیت‌الله حکیم قائل بود، تنها به تدریس می‌پرداخت. در همان زمان امام خمینی(ره) به دلیل سخنرانی علیه رژیم شاهنشاهی (سال 1342) دستگیر شد. دستگیری امام خمینی(ره) مورد واکنش آیت‌الله خویی قرار گرفت و رساله‌ای به‌نام "تصریحات خطیره" به معنای پیام‌های مهم و خطرناک در دفاع از حضرت امام (ره) منتشر کرد.
در واقع این سخنان متوهمانه و مغرضانه محمد اسماعیل صلاحی درباره شروع نظام اسلامی و برخورد با مرجعیت شیعه را می‌توان تحلیلی از یک ذهن مریض و معیوب دانست که به دنبال بهره‌برداری از این سخنان سخیف است.