پایگاه جامع فرق، ادیان و مذاهب_طرائق الحقایق از جمله  کتابهایی است که نویسنده آن امانت دار نبوده و در ثبت مطالب آن به نفع گروهی خاص قلم زده است. از این رو در این نوشته به چرایی علل و عوامل این جانبداری و تحذیفات می پردازیم تا برای خواننده روشن گردد که این جانبداری و تحذیفات عمدی بوده است یا سهوی؟ 
 دلیل اینکه چرا حاج محمد معصوم مرتکب چنین خبط عظیمی شد و از جاده صداقت، عدالت و امانت انحراف یافت، خود او به بهترین نحو، در دیل ترجمه احوال حاج آقا محمد شیرازی مطلب را شرح می دهد:
«به والده فرزندان که همشیره حاجیه بی بی رقیه بیگم عیال ایشان است، فرمودند: نور چشمی معصوم به جای حسن است و از آن روز به بعد من و والد آنها در محبت با تو بی اختیاریم و الحمد لله حال تو را دیدم به منزله پدر جسمانیم حاج محمد حسن و برادرم حاج معصوم و قائم مقام پدر روحانی می باشی و به  مضمون حکم مشحون "ان الله یامرکم ان تودوا امانات الی اهلها"[1] ودایعی که از پدر به من رسیده به تو می سپارم.»[2]
یعنی آنکه حاج محمد معصوم بدین دلیل بعدا در این توطئه مشارکت کرد که از سوی حاج آقا محمد شیرازی به او وعده داده شده بود که در صورت همراهی و حفظ "اسرار مگو" بعد از فوت وی به قطبیت در میان پیروان خودشان تعیین خواهد شد. بدین ترتیب هم ارادت خود را به عمش "منور علیشاه" تصحیح و توجیه می کرد و هم خدشه ای در داعیه جانشینی خودش پس از منور علیشاه وارد نمی شد.
هر چند که این چنین نشد، چرا که حاج آقا محمد شیرازی با اینکه وعده قطبیت بعد از خویش را به صاحب طرائق داده و او را با خود همراه نموده بود، به این فکر افتاد که چراغی به خانه رواست به مسجد حرام است و جایی که فرزند خود او حاج علی آقا ذوالریاستین حاضر است، چرا که امر را به فرزند مرحوم رحمت علیشاه وا بگذارد. این بود که از تصمیم و قول خود عدول کرد. به این ترتیب که در اوایل سال 1301 قمری، زمانی که حاج محمد معصوم نایب الصدر ثالث برای اجرای وصیت مادر خویش که در کربلا چشم از جهان فرو بست، به آن سو شتافت، حاج آقا محمد شیرازی فرصت را غنیمت شمرده و به تعیین و تنصیص جانشین مبادرت ورزید. حاج نایب الصدر که از این موضوع بی خبر بود در اثنای اقامت در کربلای معلا اطلاع یافت که جناب حاج آقا محمد شیرازی عن قریب راهی سفر آخرت است. به این دلیل برای تصدی امر قطبیت سریعا عازم شیراز شد.
اما جناب حاج آقا محمد شیرازی یک روز پیش از فوت خویش یعنی روز نهم شوال 1301 قمری پسر خود را به عنوان جانشین خود تعیین کرد. به همین دلیل وقتی حاج نایب الصدر، محمد معصوم به شیراز رسید، رشته امیدهایش را پاره پاره یافت و احساس کرد که نزدیکان جناب حاج آقا محمد و فرزندان او علیه جانشینی اش تبانی کرده اند و جناب حاج آقا محمد از تصمیم قبلی خویش عدول کرده است. چنان که می نویسد:
« ... مقتضی المرام به شیراز آمد، ولی مقاصد صحیحه به واسطه مفاسد علیه بعضی نزدیکان وجود خارجی نیافت.»[3]
این تبانی خانوادگی که خاطره همدستی های اعضای همین خانواده را علیه قطبیت حضرت آقای سعادت علیشاه در ذهن حاج نایب الصدر، محمد معصوم، زنده کرده بود، وی را نسبت به بازی روزگار هراسناک و بدبین ساخت. به ویژه آن که برادر بزرگترش میرزا محمد حسین نیز خیری از دنیا ندیده و به فلاکت و بیماری چشم از جهان فرو بسته بود.[4] این بود که بار رحیل بسته و ترک دیار مالوف گفت.
« بر حسب اشارت غیبی مهاجرت از وطن مالوف مناسب حال گردید و "من یهاجر فی سبیل الله یجد فی الارض مراغما کثیرا وسعه"[5].»[6]
پس از آن وی به فعالیتهای اجتماعی روی کرده و به جمع آزادیخواهان و مشروطه گرایان ملحق شد.[7]
سرانجام دگرگونی های عمیقی در احوالش پیدا شد و برای توبه و انابه از افعال گذشته خویش روی توجه باطنی به جناب سعادت علیشاه آورد. اما از از آنجا که آن بزرگوار از این سرای باقی رخت به دیار باقی کشیده و مقام قطبیت سلسله نعمت اللهیه را به جانشین منصوص و بزرگوار خویش حضرت سلطان محمد "سلطان علیشاه" سپرده بود، فلذا عازم خراسان شد و با شکسته حالی به درگاه ایشان متجلی گشت و دست ارادت به ایشان داد و نزد ایشان بیعت فقری نمود.[8] وفات حاج نایب الصدر ثالث به تاریخ 1344 قمری رخ داد.[9]
و در واقع سرانجام نویسنده کتاب طرائق الحقایق یعنی محمد معصوم شیرازی"نایب الصدر ثالث" اینگونه به پایان رسید هر چند جا داشت تا در اواخر عمر که دوباره به آغوش تصوف بازگشت جبران مافات نموده و حفره های  تاریکی را که در بدنه تاریخ بوسیله تحذیف یا جعل واقعیات ایجاد کرده بود را پر نماید.
از واقعه ای که در مورد کتاب طرائق الحقایق اتفاق افتاده است اینگونه تلقی می شود که نکند این واقعه تلخ در مورد دیگر کتب صوفیه هم اتفاق افتاده باشد و خوانندگان از آن بی اطلاع باشند؟ و اله  اعلم بما تعملون.
منابع:
1-سوره نساء آیه 58: خدا به شما فرمان می دهد که امانتها را به صاحبانشان بازگردانید.
2- طرائق الحقایق ج 3 ص 436
3- طرائق الحقایق ج 3 ص 535
4- طرائق الحقایق ج 3 ص 395
5-سوره نساء آیه 100: آن کس که در راه خدا مهاجرت کند در روی زمین برخورداریهای بسیار و گشایشها خواهد یافت.
6- طرائق الحقایق ج 3 ص 535
7-میرزا محمد معصوم شیرازی در آغاز جنبش مشروطه در زمره آزادیخواهان درآمد و به فعالیت مشغول شد و بعد سمتی در مجلس شورای ملی پیدا کرد. تاریخ رجال ایران، مهدی بامداد ج 6 ص 432
8-نهضتهای فکری ایرانیان در دوره قاجار مهدی بامداد ص 683 
9-وی در اواخر عمر ترک سیر و سیاحت کرده و چون گوهر مقصود خویش را در گناباد یافته بود در همان شهر سکونت اختیار نمود و متصدی ریاست اوقاف این شهرستان گردید. در تمامی ایام اقامت خویش در گناباد نیز خدمت بزرگان سلسله نعمت اللهیه می رسید و از آنان بهره مند می شد و هر گاه که فرصتی دست می داد به یادآوری و بازگویی حوادث پشت پرده ای که علیه جانشینی حضرت آقای سعادت علیشاه تربیب یافته بود می پرداخت. پس از آن که به ترتیب و تالیف کتاب طرائق الحقایق مبادرت ورزید از ذکر کراماتی از حضرت آقای سلطان علیشاه خودداری ننمود. حتی در نسخه چاپی طرائق الحقایق و درحاشیه صفحه شرح حال مرحوم جناب حاج ملا سلطان محمد، مشار الیه به خط خود شرحی نوشته است که ارادتش را به مرحوم آقای سلطان علیشاه کاملا نشان می دهد. در حالی که در این کتاب سه جلدی و بسیار مفصل و قطور هیچ جا از فرزند جناب حاج آقا محمد شیرازی – که به آن ترتیب جایگزین پدر شد- سخنی به میان نیامده است. وی همچنین سرپرستی امور حسبی و نسبی خویش را از کلی و جزئی را به حضرت آقای صالح علیشاه قطب سلسله نعمت اللهیه و نوه ارجمند حضرت سلطان علیشاه واگذار نمود و برای این منظور دستخطی تنظیم کرد.