مقام ابن عربی نزد امام خمینی(س) در میان ابعاد مختلف شخصیتی امام خمینی، بی گمان بعد عرفانی وی مورد غفلت واقع شده است. وی پیش از آن که پای در عرصه سیاست گذارد، سال ها پیش از آن، از مکتب عرفانی صوفی بزرگی چون ابن عربی آموخته بود و آرای وی را گرامی می داشت. ابن عربی ای که به خاطر طرح منظم و منسجم وحدت وجود ،مورد رد وتکفیر فقها و متکلمین قرار گرفته بود. نه تنها فقها و متکلمین، که صوفی بزرگی چون علاء الدوله سمنانی، به رد وی پرداخته و وی را به هذیان گویی و اباحه گری متهم کرده و تبری جستن از وی را واجب شمرده بود. با چنین احوالی امام حتی در سال های پایانی عمر علاقه و علقه خویش را به ابن عربی منکر نشد و در نامه ای رسمی به رهبر شوروی، از او به نیکی و بزرگی یاد کرد. در واقع رای امام در مورد مسله وحدت وجود و انسان کامل برگرفته از ابن عربی و پیروان مکتب وی است. امام بی محابا اصطلاحاتی چون فیض اقدس و مقدس را که از ابتکارات شیخ اکبر است به کار می گیرد و نظامی را به تصویر می کشد که یکسره مبتنی بروحدت است. البته این امر در بادی امر چندان مهم به نظر نمی رسد؛ چرا که کسان دیگری هم بوده اند که به تایید ابن عربی و آرای وی پرداخته اند. نکته این جاست که امام به عنوان یک فقیه و مرجع بزرگ و زمامدار حکومت اسلامی، در حالی که بسیاری از فقها و مجتهدین شیعه روی خوش به تعالیم صوفیه به خصوص ابن عربی نشان نمِی دهند و سهل است که گاه حکم به ارتداد و کفر آنان می دهند و قایل به وحدت وجود را نجس و ناپاک می شمارند، از بیان آراء وی ابایی ندارد و توحید حقیقی و درست را همین عقیده می داند. مراد از وحدت وجود نزد ابن عربی ابن عربی وجود را منحصر به خداوند، و کثرات را جلوه ها و ظهورات آن وجود حقیقی می داند. این معنا البته در میان عرفا و صوفیه پیش از ابن عربی نیز رواج داشته و کسانی چون جنید بغدادی، حلاج و معروف کرخی نیز به آن اشاره داشته اند. عین القضاه همدانی در کتاب تمهیداتش جمله " لیس فی الوجود الا الله " را منسوب به معروف کرخی می داند.