در بحث وحدت وجود آنچه از وحدت وجود، مورد نظر علما و برخی از فلاسفه است با آنچه مورد نظر متصوفه است، بسیار متفاوت بوده و این نشان از به انحراف کشیده شدن مفهوم وحدت وجود، توسط متصوفه دارد. چنانچه علامه مصباح یزدی به نقد وحدت وجود صوفیانه پرداخته است و آن را خلاف عقل و وجدان میداند.