روایت موسوم به وصیت دارای اشکالات فراوانی است به نحوی که دیگر نمی‌توان به آن عمل کرد، از جمله:
1- در مباحث اعتقادی، روایتی که به آن استدلال می‌شود باید قطعی الصدور و قطعی الدلاله باشد. به عبارت دیگر: روایت باید در حد متواتر لفظی یا متواتر معنوی باشد و دلالت آن باید به نحوی باشد که جای هیچ شبهه‌ای در آن نباشد؛ در حالی‌که روایت موسوم به وصیت (بالفرض که صحیح باشد و حال آن‌که نیست) خبر واحد است و در حد متواتر لفظی یا معنوی نیست پس اساسا نمی‌توان به این روایت استدلال کرد.
2- اشکال دیگری که متوجه این روایت است این‌که دلالت آن قطعی نیست در روایت آمده که پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وآله) فرمودند: «... ای علی همانا بعد از من 12 امام است و بعد از آن‌ها 12 مهدی می‌آید»، اگر مهدیین نیز امام هستند طبیعتا حضرت می‌فرمود: بعد از من 24 امام است. دوازده تا فلان و فلان هستند و دوازده تا مهدیین هستند.
3- در صورتی که بپذیریم این روایت دلالت بر امامت مهدیین دارد، بازهم نمی‌توان به آن عمل کرد زیرا که روایات فراوانی در حد تواتر معنوی معارض با این روایت هستند. یعنی این مجموعه روایات ائمه را در 12 امام محصور می‌کند. در این‌باره می‌توان به کتاب «کفایه الاثر فی النص علی الائمه الاثنی» عشر مراجعه کرد.
4- برخی روایات به صراحت بیان می‌کنند که اگر کسی معتقد به امامت 13 امام یا بیش از آن باشد از مارقین حساب می شود.
5- اگر به فرض روایت دلالت بر امامت مهدیین داشته باشد در این صورت معارض با روایات رجعت امام حسین (علیه‌السلام) است که رجعت ایشان در زمان امام زمان (عجل‌الله‌تعالی‌فرجه) صورت می‌گیرد و ایشان هستند که امام زمان (عجل‌الله‌تعالی‌فرجه) را کفن و دفن می‌کنند. پس با وجود امام حسین (علیه‌السلام) هیچ‌کس دیگری اجازه امامت را ندارد.