صوفیه به جریان خضر و موسی رنگ و بوی عرفانی زده‎اند و آن را بهانه‌ای برای مراد و مریدی در سیر و سلوک قرار داده و معتقدند که مرید تا زمانی که مثل موسی اعتراض کند به حقیقت نخواهد رسید. اما عارفی همچون آیت الله جوادی این را اشتباه می‌داند و معتقد است که موسی وظیفه نداشت به علم باطنی خضر عمل کند و باید به شریعت خود عمل می‌کرد. لذا نمی‌توان کار موسی را اشتباه دانست.