شیخیه با مطرح کردن اعتقاداتی همچون رکن رابع و نیابت امام زمان (ارواحنا فداه) در عصر غیبت، زمینه‌ی پیدایش بابیه و بهائیه را فراهم آوردند. بعد از ننگی که بهائیان به بار آوردند، مشایخ شیخیه برای اینکه خود را از رفتارهای ناشایست این فرقه‌ی ضاله تطهیر کنند، دست به تکفیر بهائیان زدند و آنها را کافر، نجس و مشرک دانستند.

آیت الله مکارم شیرازی، بهائیان را کافر حربی، نجس و مرتد می‌داند و هرگونه معامله یا کمک به پیروان این فرقه‌ی ضاله‌ی را جایز نمی‌دانند. وی رفت و آمد و رفاقت با افراد این فرقه را ممنوع اعلام کرده و فرموده: تنها در صورتی می‌توان به این رابطه‌ها ادامه داد که امید هدایت آنها وجود داشته باشد. همچنین ایشان ازدواج با آنها را جایز نمی‌دانند.

از قرآن کریم و روایات به دست می‌آید که عالم آخرت، جای تکلیف نیست؛ بلکه محل جزاء و پاداش است. در آیات متعددی از روز قیامت به روز جزاء یاد شده است، و یا به صراحت آمده است که در روز قیامت، پاداش اعمال انسان‌ها بطور کامل و مستوفی داده خواهد شد؛ در نتیجه آخرت جای پاداش است نه سرای عمل و لذا تکلیفی در قیامت بر انسان وجود ندارد.

پیروان بابیه و بهائیه، برای حفظ موجودیت خود، از احسایی و رشتی حمایت کرده و آنها را مبشر باب و بهاء می‌دانند. اشراق خاوری، بزرگترین نویسنده‌ی بهائی، احسایی را بسان کوکب درخشنده‌ای می‌داند که برای بیدار کردن فرقه‌ی شیعه، مبعوث شده است و حاج میرزا جانی کاشانی، احسایی را برگزیده‌ی موحدین، صفوه‌ی اخیار و برگزیده‌ی شیعیان دانسته است.

با توجه به اینکه بهائیان ادعای عصمت سران خود را دارند، اظهارات متناقض عباس افندی و شوقی درمورد صبحی، معصومیت یکی از آنان را خدشه دار میکند و چنین امامی لایق پیشوایی نیست. عبدالبهاء درباره‌ی صبحی چنین می‌گوید: «شکر کن خدا را که چنين پسر روح پروري به تو داد، جناب صبحي به خدمات مرجوعه مشغول و هذا من فضل ربنا الرحمن الرحيم !

فرقه‌ی شیخیه، بسان فرقه‌ی مفوضه به انحراف رفته و اعتقاد دارد که ائمه‌ (علیهم السلام) خالق موجودات عالم هستند. شیخیه بارها به سبب این اعتقادش مورد تکفیر علمای شیعه قرار گرفت. شیخ احمد احسایی می‌گوید: «چـرا اسـتبعاد در خالقيت ائمه می‌نمايند و حال‌ اين‌ كه «تبارك‌الله احسن الخالقين» گواه بر آن است كه به جز خداوند، خالق ديگر هست!