میرفطروس آنقدر با تشیع دشمنی دارد که حتی سلسله صفویه را به دلیل تعلق خاطر به تشیع مورد حمله قرار می دهد و در سخنی سراسر کذب و بی پایه و بی بنیاد مدعی می شود: «در قرن شانزده میلادی، هویت ملی ما، زیر آوار نوعی هویت مذهبی (شیعی) مدفون شده بود» .نکته عجیب و تلخ اینجاست که «مسعود لقمان» جمع آورنده کتاب «ایران در گذر روزگاران» که مصاحبه های کتاب با میرفطروس و عباس میلانی و دیگران را انجام داده است،