بر خلاف ادعای پیروان مکتب شیخیه؛ علی‌محمد شیرازی، بعلاوه‌ی شاگردی علمی نزد رهبران شیخیه، در تحصیل مراحل معنوی نیز متأثر از آنان بوده و در زُهد و گوشه‌نشینی، به رهبر شیخیه اقتدا داشته است. ریاضت و گوشه‌گیری علی‌محمد شیرازی به قدری مشهود بود که وی، به «سید ذکر» شهرت یافت و کم کم دعانویس و مناجات پرداز شد.