طباطبایی، از چهره‌های شاخص «قرآنیون»، با وجود اینکه خود را پیرو قرآن می‌داند، اما هر کجا که آیات قرآن را بر خلاف نظر خود ببیند، مشکل را از آیات قرآن می‌داند. وی بعد از ذکر آیه 39 سوره یوسف، می‌نویسد: «مشکل این آیات این است که ظاهراً می‌رساند مشرکان، شرک در توحید خالقیت داشتند؛ حال آنکه هیچ مشرک و کافری، در طول تاریخ از جهت توحید در خالقیت، شرک ندارد؛ بلکه در توحید «الوهیت»، غیر خدا را عبادت می‌کردند». این گونه ادعاهای عجیب از جانب قرآنیون، به دلیل فاصله گرفتن از سنت رسول خدا (ص) و انکار حجیت سنت است.