وقتي نزاع سني-صوفي تقريبا پايان يافت، در عراق و خراسان شماري مشايخ صوفي به صحنه آمدند که دسته‌دسته پيرواني در پيرامون آنان جمع شدند. اما نظام طريقت‌ها هنوز در اين دوره به طور کامل استقرار نيافته بود. در روزهاي پاياني حکومت سلجوقي بود که نخستين طريقت‌هاي صوفيانه در خاور نزديک اسلامي ظهور کردند. اما با اين‌که شيخ بزرگ سهروردي رسما از سوي خليفه وقت به عنوان شيخ کبير همه صوفيان منصوب شد، نظام طريقت‌ها هنوز در اين دوره به طور کامل استقرار نيافته بود.