بعد از وفات شیخ احمد احسایی و سید کاظم رشتی، در بین شاگردان ایشان اختلاف شدید بر سر جانشینی صورت گرفت. حاج محمد کریمخان توانست در کرمان به سبب موقعیتی که داشت، جانشینی را به خود اختصاص دهد. میرزا محمدباقر خندق آبادی که نماینده‌ی کریمخان در شهر همدان بود، بعد از وفات وی ادعای جانشینی کرد و فرقه‌ی شیخیه‌ی باقریه را پایه‌گذاری کرد.