مانی، سرنوشت تلخی داشت. سرنوشت تلخ و همیشگی مردان بزرگ تاریخ ایران، و قربانیان اتحاد شوم حکومتداران، اشراف و روحانیان. اتحاد قدرت و ثروت و نیرنگ. داستان بسیار ساده بود. همانگونه که بعدتر با مزدک و دیگران هم اجرا شد. مانی را به جلسه مناظره با موبدان در حضور بهرام یکم دعوت می‌کنند و او را در یک دادگاه تفتیش عقاید به جرم «کفر» محکوم به مرگ می‌کنند. او در زندان نیز نه تنها از پیام دین و آرمان خود دست بر نمی‌دارد و توبه نمی‌کند؛ بلکه از هر فرصتی برای رساندن اندرز و شناساندن دین و اندیشه‌های خود برای جامعه بشری بهره می‌برد. مانی به حکم موبدان و با تأیید بهرام‌شاه در شهریورروز از شهریورماه سال ۲۷۶ میلادی، پس از شکنجه‌های هولناک کشته می‌شود و پیکرش را برای مدتی طولانی بر دروازه جندی‌شاپور می‌آویزند. دروازه‌ای که تا صدها سال بعد به نام «دروازه مانی» خوانده می‌شده است.