اظهار دعاوى دروغين و تأويلات سخنان و ادّعاهاى متناقض، مورد اعتراض شديد علماى دين و بزرگان شيعه در آن عصر گرديده است. براى روشن شدن حقايق و آگاهى بيش‏تر مردم، جلسات نقد و بررسى و مناظره تشكيل شد كه اجمالى از آن‏ها چنين است:
پس از مراجعت سيّد على محمّد از سفر مكّه به بوشهر، زمانى كه هنوز از ادّعاى «بابيّت» پا را فراتر نگذاشته بود، به خاطر اعتراض علما و مردم متدين، به دستور والى فارس، در ماه رمضان سال 1261 هجرى قمرى دستگير و به شيراز فرستاده شد. در شيراز، پس از تنبيه، نزد امام جمعه‏ ى آن شهر، اظهار ندامت و توبه كرد و به قول يكى از مريدان‏اش، بر فراز منبر در حضور مردم گفت:
لعنت خدا بر كسى كه مرا وكيل امام غايب بداند. لعنت خدا بر كسى كه مرا باب امام بداند...(38)
پس از آن، شش ماه در خانه ى پدرى خود، تحت نظر بود و از آن جا به اصفهان و سپس به قلعه‏ ى ماكو تبعيد شد. در زمان تبعيد در قلعه، با مريدان‏اش ملاقات و مكاتبه داشت و از اين كه مى‏ شنيد، آنان در كار تبليغِ دعاوى او سعى وافر دارند، به شوق مى‏ افتاد و سخنانى را به عنوان كلمات الهى به مريدان عرضه مى‏ داشت. وى، كتاب بيان را در همان قلعه نوشت (39) و مدّعى شد كه به وى وحى گرديده است.
دولت محمّد شاه قاجار، براى آن كه پيوند او را با مريدان‏اش قطع كند، در صفر 1264 وى را از قلعه‏ ى «ماكو» به قلعه‏ى «چهريق» در نزديكى اروميه، منتقل كرد. در اواخر سلطنت محمّد شاه، به دستور حاجى ميرزا آغاسى (وزير محمّد شاه) سيّد على محمّد را از قلعه‏ ى چهريق به تبريز بردند و با حضور ناصرالدين ميرزا ـ كه در آن وقت ولى عهد بود ـ و چندتن از علما، مجلسى را ترتيب دادند و سيّد على محمد را در آن مجلس حاضر كردند. على محمّد، در آن جلسه، آشكارا از مقام «مهدويّت» خود سخن گفت و ادّعاى «بابيّت» امام زمان را كه پيش از آن، بدان تصريح كرده بود، به «بابيّت علم خداوند» تأويل كرد و چون از او درباره‏ ى برخى مسايل دينى پرسيدند، از پاسخ فرو ماند.
در آن جلسه كه ولى عهد و عدّه‏ اى از علماى تبريز، از جمله حاجى ملاّ محمود و ملاّ محمّد مامقانى و...، حضور داشتند، آخوند ملاّ محمّد گفت: «سيّد! از معجزه و كرامت چه دارى؟». سيّد پاسخ داد: «اعجاز من، اين است كه براى عصاى خود؛ آيه نازل مى‏كنم.» و به خواندن اين فقره آغاز كرد:
«بسم اللّه الرحمن الرحيم. سبحان اللّه القدّوس السبّوح الذي خلق السماوات والأرض كما خلق هذه العصا آيةً من آياته»!
وى، اِعراب برخى كلمات را غلط خواند. مثلاً «تاء» در «السماوات» را به فتح قرائت كرد و چون به وى تذكّر دادند كه آن را به كسره بخواند، وى، ضاد در «الأرض» را مكسور خواند!
در اين ميان، امير اصلان خان كه در مجلس حضور داشت گفت: «اگر اين قبيل فقرات از جمله‏ ى آيات شمرده شود، من هم مى توانم تلفيق كنم و گفت:
«الحمد لله الّذي خلق العصا كما خلق الصّباح والمساء»!(40)
گزارش تفصيلى اين جلسه، در منابع تاريخى آمده است. نيكلا، در تاريخ خود، و نيز ناسخ التواريخ، با بسط بيش‏ترى آن را آورده است.(41)