پس از آشكار شدن عجز سيّد على محمد در اثبات ادّعاى خود، وى را چوب زدند و تنبيه كردند. او، از دعاوى خويش تبرّى جست و اظهار پشيمانى كرد. سپس توبه نامه‏اى تنظيم كرد و به قصد طلب عفو، براى شاه ارسال داشت.
متن توبه نامه‏ ى «باب» كه نسخه‏ ى اصلى آن در كتابخانه مجلس شوراى اسلامى ايران، نگهدارى مى‏ شود و خطاب به شاه قاجار نوشته شده ـ و يكى از مريدان‏اش در كتاب خود آورده (42) ـ به اين شرح است:
«فداك روحى. الحمد للّه كما هو أهله و مستحقّه كه ظهورات فضل و رحمت خود را در هر حال بر كافّه‏ى عباد خود شامل گردانيده. فحمدا له ثمَّ حمدا كه مثل آن حضرت را ينبوع رأفت و رحمت خود فرموده كه به ظهور عطوفت‏اش عفو از بندگان و ستر بر مجرمان و ترحّم به داعيان ]ياغيان ] فرموده. أُشهِدُاللّهَ و مَنْ عِنده كه اين بنده‏ ى ضعيف را قصدى نيست كه خلاف رضاى خداوند عالم و اهل ولايت او باشد. اگرچه بنفسه، وجودم ذَنبِ صِرف است، ولى چون قلب‏ام، موقن به توحيد خداوند، جلّ ذِكرُه، و به نبوّت رسول او و ولايت اهل ولايت او است، و لسان‏ام، مقرّ بر كلّ ما نزل من عندالله است، اميد رحمت او را دارم و مطلقا، خلاف رضاى حق را نخواسته‏ام و اگر كلماتى كه خلاف رضاى او بود، از قلم جارى شده، غرض‏ام عصيان نبوده و در هر حال، مستغفر و تائب‏ام حضرت او را.
و اين بنده را مطلق علمى نيست كه منوط به ادّعايى باشد و أستغفراللّهَ ربّي وأتوب اليه من أن يُنسَب إلَيّ أمرٌ.
و بعضى مناجات و كلمات كه از لسان جارى شده، دليل بر هيچ امرى نيست و مدّعى نيابت خاصّه حضرت حجة‏الله عليه‏السلام را محض ادّعا مبطل ]مى‏دانم ] و اين بنده را چنين ادّعايى نبوده و نه ادّعاى ديگر.
مستدعى از الطاف حضرت شاهنشاهى و آن حضرت، چنان است كه اين دعاگو را به الطاف و عنايات سلطانى و رأفت و رحمت خود، سرفراز فرمايند.
والسّلام