آفتابهايى نيز زندگى كليساى كاتوليك را در قرون ميانه به پرتگاه نابودى كشاند كه شايد زشت ترين و ناهنجارترين آنها سايمونى (Simony) باشد كه عبارت بود از فروش منصبهاى روحانى و امتيازات كليسايى . علاوه بر اين ، پاپها، اسقفان و كشيشان تقريبا تمام نقشهاى مهم كليسايى را در انحصار خود داشتند و نقش قابل توجهى براى عامه مردم قائل نمى شدند و آنان را در امور دين و ايمان در نادانى باقى مى گذاشتند.
البته اقداماتى اصلاحى نيز در كليساى را كه چهره كليسا قرون ميانه پديد آمد. برخى از اين اقدامات در عين پذيرفتن اقتدار پاپها، اصلاح مفاسدى را كه چهره كليسا را زشت كرده بود، در نظر داشت . برخى ديگر كليساى كاتوليك را نمى پذيرفت و براى پيگيرى يك زندگى مسيحى بهتر و همراه پرهيزكارى بيشتر تلاش مى كرد. از اين رو، در ميان اين گروه برخى اوقات افكار و عقايدى پديد مى آمد كه با ايمان سنتى كليساها هماهنگ نبود و موجب تكفير آنان مى شد. كليسا و دولت دست به دست هم دادند و براى زدودن آن بدعتها، شيوه هاى غالبا بسيار قساوت آميزى با آنها جنگيدند.