كليساى كاتوليك از روى ناچارى به وارد بودن تعدادى از اتهامات مطرح شده مصلحان اعتراف كرد و بسيارى از پيروان آن كليسا گفتند كه تخلفات مورد اعتراض مصلحان واقعيت دارد و بايد بى درنگ آنها را از ميان برداشت . از سوى ديگر، كاتوليكها مشاهده كردند كه مصلحان ، به دليل انگيزه اصلاحى خود، عناصر مهمى از ايمان مسيحى را به فراموشى سپرده اند. بر اثر اين انديشه ، نهضتى پديد آمد كه براى اصلاح كليساى كاتوليك از درون مى كوشيد. اين نهضت اصلاح متقابل ناميده شد و دعوت پاپ براى برگذارى يك شروع اصلاحى بين سالهاى 1545 تا 1563 نخستين گام براى تحقق آن بود. اين شورا به مناسبت شهرى كه ميزبانى آن را برعهده داشت ، شوراى ترنت ناميده شد و ارتدوكسها و پروتستانها در آن شركت نكردند.
شوراى مذكور به اكثر تخلفات مورد نكوهش مصلحان پايان بخشيد و مجددا به منظور انديشه هاى مصلحان ، بر تعاليم كاتوليكى سنتى تاءكيد ورزيد. از جمله كسانى كه براى تثبيت اصلاح متقابل مى كوشيدند، اعضاى راهبانيتهاى نوبنياد، مانند كاپوچيها و ژزوئيتها بودند و همه سعى مى كردند كليساى كاتوليك را از درون ، با اتكا بر قدرت پاپ و نه قيام بر ضد آن ، اصلاح كنند. كشورهايى كه فعاليت اصلاحى متقابل در آنها ادامه يافت ، سرزمينهايى با اكثريت كاتوليك بودند؛ مانند اسپانيا، ايتاليا، لهستان و ايرلند.