شيخ پس از دو سال و اندكي، از يزد عازم كربلا شد و از راه قزوين، همدان و
كرمانشاه رفت. در همه جا با احترام بسيار او را استقبال مي كردند تا قزوين رسيدند، «بنا به رسم و عادت معمول شيخ احمد به بازديد علماي قزوين مي رفت؛ بعضي از علما همه به همراه او بودند. روزي به بازديد «حاج ملا محمدتقي»، كه در واقعه ي «قرةالعين» كشته شده و معروف به «شهيد ثالث» شد، رفتند پس از تعارفهاي رسمي، شهيد از شيخ پرسيد: مذهب شما در معاد چيست؟ شيخ گفت: من معاد را «جسم هور قليائي» مي دانم، آن هم در همين بدن است، مانند شيشه در سنگ. شهيد گفت: جسم هور قليائي به جز بدن عنصري است، و از ضروريات دين اسلام است، كه: در روز قيامت همين بدن عنصري است كه بازگشت مي كند، نه بدن هور قليائي. در آن مجلس، شيخ تكفير شد و چون براي نماز به مسجد رفت هيچ كس از علماء به همراه او نرفت، فقط حاج ملا عبدالوهاب به همراه شيخ به مسجد رفت... چون هنگامه تكفير شيخ كرم شر شيخ - آن مرد معروف و بزرگوار و شايسته احترام - مورد بي احترامي قرار گرفت... تكفير شهيد ثالث در نهايت شهرت در هر دياري گشت. شيخ ديگر در قزوين نماند و از آنجا به عراق عرب رفت...» [1] .
شيخ، هر چه مي كوشيد از خود دفاع كند نمي شد، سرانجام، از كربلا و از راه شام عازم زيارت مكه شد. او در نزديكي مدينه، در تاريخ 21 ذيقعده سال 1241 هجري در سن 75 وفات يافت و جسدش را با احترام به مدينه حمل كردند و در قبرستان بقيع به خاك سپردند.
پاورقي:---------------------------------------------------------
[1] نگاه كنيد به: شيخيگري و بابيگري، صفحات: 17 ، 19 30.